Singularity的安装

2022.8.28 星期天

周末，早上一大早就开始了我的搭架子工程，经过师弟师妹共同努力，算是大体保住了，实属不易，中午回去一觉就睡到了五点，真能睡，笑哭····，晚上把基因测序结果看了下，又让公司补测了两个引物，于是开始倒腾Singularity的下载，毕竟基因课服务器上是有时间限制的，三个月花了我三百大洋。。。得在自己实验室安装起来，很难想象张老师实验室的生信管理员居然没有装这个软件，早在我研一的时候就在疑惑，当时也是被软件安装所困扰着，Singularity是一款软件仓库（还未装东西的仓库），可以这么说吧，也可以说是一个容器，软件的一些环境都可以整合进去，下载后，直接使用singularity容器在网站上下载软件作者使用singularity容器打包好的代码，即可即下即用，多方便，做生物信息就要无时不刻降低计算机操作门槛，让两个学科更好的融合。

安装

1.安装依赖

sudo apt-get update && sudo apt-get install -y \
         build-essential  \
         uuid-dev  \
         libgpgme-dev  \
         squashfs-tools  \
         libseccomp-dev  \
         wget  \
         pkg-config  \
         git  \
         cryptsetup-bin

2.安装GO语言
singularity不支持1.16.2版本的go，1.14.12则没有问题。
下载地址：https://golang.org/dl/

wget https://golang.org/dl/go1.14.12.linux-amd64.tar.gz
tar -C /pub/software -xzvf go1.14.12.linux-amd64.tar.gz
rm go1.14.12.linux-amd64.tar.gz

添加环境变量

export PATH=/pub/software/go/bin:$PATH

可将环境变量写入.bashrc中。

3.下载singularity
apt install singularity-container 可以安装2.4.2版本的Singularity,但是没有新版本。所以需要手动安装。
下载地址：https://github.com/hpcng/singularity/releases

$ wget https://github.com/hpcng/singularity/releases/download/v3.7.2/singularity-3.7.2.tar.gz
$ tar -xzf singularity-3.7.2.tar.gz
$ cd singularity

4.安装 singularity

$ ./mconfig
$ cd builddir
$ make
$ sudo make install

make是一个编译过程，此处最容易出错，如果出错需要仔细看报错信息。

5.可能的报错信息

 go: github.com/Netflix/[email protected]: Get "https://proxy.golang.org/github.com/...7.mod": dial tcp 172.217.27.145:443:
i/o timeout

如果出现这个，可以直接忽略。