蛋白-配体相互作用、柔性对接及基于结构的虚拟筛选、基于药效团虚拟筛选、构效关系模型预测分子活性

其它相关课程：《Amber分子动力学技术与应用专题培训》、《Gromacs分子动力学技术与应用专题培训》 、《人工智能药物设计技术与应用专题培训》、《新药先导化合物的虚拟筛选技术与实践专题培训》 具体介绍请咨询联系人！

蛋白-配体相互作用

课程内容：

1. 分子对接基础、原理及对接软件介绍

2. 分子对接软件（薛定谔) 使用

2.1半柔性对接

2.1.1 小分子配体优化准备

2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备

2.1.3 蛋白受体格点计算

2.1.4 半柔性对接计算

2.2 对接结果评价

2.2.1 晶体结构构象比较

2.2.2 打分角度评价对接结果

2.2.3 构象角度评价对接结果

2.2.4 最优结合构象选择

2.2.5 已知活性化合物对接结果比较

实例讲解与练习：Bcr/Abl靶点抑制剂的分子对接

柔性对接及基于结构的虚拟筛选

课程内容：

2.3 诱导契合柔性对接

2.3.1 小分子配体优化准备

2.3.2 蛋白受体优化及坐标文件准备

2.3.3 蛋白受体格点计算

2.3.4 柔性对接计算

2.3.5 柔性对接结果评价

2.3.6 半柔性对接与柔性对接比较与选择

3. 基于结构的虚拟筛选（薛定谔）

3.1 虚拟筛选定义、流程构建及演示

3.2 靶点蛋白选择

3.3 化合物库获取

3.4 虚拟筛选

3.5 结果分析（打分值、能量项分解及相互作用）

4. 共价对接（薛定谔）

4.1 蛋白结构准备

4.2 小分子结构准备

4.3 共价对接

4.4 共价对接结果分析

实例讲解与练习：1）Bcr/Abl靶点抑制剂的虚拟筛选

2）EGFR靶点抑制剂共价对接

基于药效团虚拟筛选

课程内容：

5. 药效团构建虚拟筛选（薛定谔）及结果分析

5.1 配体和受体结构准备及优化

5.2 基于多配体共同特征构建药效团

5.3 基于蛋白-配体复合物构建药效团

5.4 药效团的特征修饰

5.5 药效团的富集分析

5.6 基于药效团的虚拟筛选

5.7 基于药效团虚拟筛选结果分析

实例讲解与练习：

基于药效团的Bcr/Abl抑制剂虚拟筛选

构效关系模型预测分子活性

课程内容：

6. 构效关系模型（3D-QSAR）构建及化合物活性分析

6.1 构效关系基本理论介绍

6.2 分子数据集准备

6.3 3D-QSAR模型构建

6.4 3D-QSAR模型结果分析

6.5 3D-QSAR模型预测新化合物活性

实例讲解与练习：

Bcr/Abl抑制剂3D-QSAR构建及分子活性预测