现在需要解决的问题是进化的问题。如果心灵——不论是感知还是自我意识或者其他的什么东西——不是肉体在某一个时刻突然拥有的——就像我们给电脑新装了一个软件，使它突然拥有了新的功能一样——那我们就得承认它是一个渐进的，也就是进化的过程。
有些人反对进化的观点，他们不相信进化会产生像眼睛这样精密的仪器（遑论心灵？），毕竟那些中间阶段的、只形成了一半的视力有什么用呢？自然选择怎么会倾向于不完美的眼睛呢？美国国家科学院院士、纽约州立大学石溪分校教授乔治·威廉斯对这个批评的批评是：批评者不懂生物学！
他指出：“现存的事实正是从微小的蠕虫样动物体表的原始感光细胞，经过扇贝的残迹性照相机样眼睛，直到枪乌贼和脊椎动物的高级光学仪器装备的间断性序列的各个阶段；序列中的每一阶段都会发生变异，每一阶段的结构对其拥有者显然都是有用的。”
威廉斯的批评是正确的。我们现在至少发现了9种机理明显不同的眼睛，包括针孔式眼睛、两种照相机镜头式眼睛、反射曲面式眼睛以及好几种复合眼。对任何一种眼睛来说，不管视力敏锐还是差劲，都有某种相应的任务。视力只要稍有改善就会大为不同——即使你是一个未经矫正的高度近视者，你也比一个盲人拥有大得多的优势。
原始的感光细胞也许说不上有什么视力，但它可以分辨白天还是黑夜，还可以“看到”有一片阴影掠过，预示有可能是天敌来袭，这对于它的主人来说就是有用的。按照我们的标准来衡量，蜻蜓的眼力很差，但对于昆虫来说，蜻蜓的眼睛好得不得了，它可以毫不费力的抓住飞行中的昆虫。同样，对于鹰眼来说，我们的眼睛简直不值一提，因为在500米开外我们就只能把一个静止的人看成顶着个黑点的锥体，更别说在飞翔中辨别出哪个是野兔哪个是树桩了。
这已经提示我们人眼可能并非完美了，让我们再来看看视网膜的生物结构好了。
我们的视网膜大致由3层细胞组成，分别为感光细胞、双极细胞和节细胞。其中感光细胞可以将光信号转化为电信号，而双极细胞则负责分类处理这些电信号，最后节细胞会把这些分类好的电信号传输至大脑，形成最终影像。理论上，感光细胞应该在最外侧，因为要接受外界传入的光信号；而节细胞负责最后将电信号传入大脑的最后一步，应该位于眼睛最内侧。但我们人眼的实际情况却恰恰相反，感光细胞和节细胞竟完全颠倒了。
节细胞在外，感光细胞在内的“设计”，使得光线射入瞳孔时，要先经过节细胞和双极细胞，最后才能到达感光细胞。这些“挡”在感光细胞前面的细胞，会反射或折射光线，使感光细胞的成像质量下降，就像在照相机的胶片前面贴了一张半透明薄膜。不仅如此。由于节细胞位于感光细胞的前面，所以它发出的神经纤维束需要向后穿过眼球再绕回大脑，这就是说，在这些神经束穿越的地方是没有感光细胞的，所以才导致了我们视网膜中有一块区域无法感光，从而形成盲点。
除了盲点之外，视网膜“设计”上的缺陷，还带来了一系列的眼部疾病。例如为了给节细胞和双极细胞供氧，视网膜表面还布有一层血管网。这些血管除了扰乱入射光线外，任何出血或淤血都会挡住光路，极其影响视力。这便是我们常说的眼底出血。
另外，由于视网膜“贴反”了，视网膜与眼球壁之间只由感光细胞顶部与色素细胞层松散的接触，因此极易脱落。如果脑袋遭受一记重拳，或随年龄增大眼球变性，都可能造成视网膜的脱落，更夸张的是，高度近视多翻几下白眼都可能出现状况。如果视网膜是“正贴”的话，神经纤维就会牢牢的把它“拉住”，脱落就没那么易发生了。
英国演化生物学家理查德·道金斯曾说：“任何设计师都能看出人类眼睛的设计是可笑的”。连人类都能看出这种“设计”的愚蠢和可笑，难道万能的神看不出来？祂怎么可能做出这样错误的设计呢？而且，祂既然爱人，又有什么理由给了章鱼“正贴”的视网膜却把缺陷留给了人类呢？难道跟人类比起来，祂更爱章鱼？
所以，眼睛不构成反对进化论的理由。正像威廉斯所说，那些反对都是因为“不懂生物学”，除非这种反对是出于道德的考量，认为自然选择是残忍的、自私的。
但恰恰是道德让我们抛弃了泛神论。这已经不证自明的确认了道德是有了心灵之后才有的事，我们不能把它强加到心灵之前的世界中。
即使不这么说，以道德的考量对道德的考量来发言，我们也必须相信生物是进化来的，而不该是出自神的仁慈之手。正如达尔文所说，我们“不能说服自己，仁慈和万能的上帝会特意创造出姬蜂，并表明意图，要它们在活毛虫体内取得食物。”
万万注意，姬蜂是在“活的”毛虫体内取得食物，并不像通常的捕猎者那样把猎物杀死之后再食用。这种可怕的习性并非独一无二，姬蜂的亲属泥蜂也有。雌泥蜂不仅把卵产入毛虫体内，让将来孵化出的幼虫能以毛虫为食，而且它会很细心的把它的螫针插进猎物中枢神经系统的每个神经节，使其瘫痪但不死去，从而保持肉的新鲜。
从毛虫的角度来看，它很可能“知道”自己正在被从内部活活吞噬，却无法采取任何行动。你相信仁慈的神会做出这样的设计吗？如果不相信，那就只能相信这一切都出自大自然之手，而大自然既不残忍也不仁慈，它不过是无心的不偏不倚罢了。
关于眼睛的另一个诘难是它有足够的时间来完成进化吗？对这一点，瑞典的尼尔森和皮尔格做出了明确而肯定的回答。
他们从一个单个的光敏细胞开始，使它位于平展的色素层之上，并覆盖一层透明的保护层，透明层的折射率能够产生局部的随机突变。他们赋予这个模型保守的变异系数、选择强度和遗传率，规定每一代每一次只在“眼睛”的一个部分发生改变，而且任何变化必须是小变化，然后任其以随机的方式变形。
变化的结果是：开始时的平面结构渐渐变成浅浅的凹面，一直到不断加深的杯状体，然后透明层变厚，充满了整个杯状体，它的外表面均匀地膨凸，变成曲面，之后这透明填充物的一部分又浓缩成一个具有更高折射率的局部球形小区，而且这个小区的更高折射率不是均匀的，而是呈梯度变化的。
这已经是真正的眼睛而不需要打引号了。尼尔森和皮尔格发现，即使是采取了前述的保守假设，从平展表皮进化到鱼眼也不到40万年，这不到从多细胞动物首次出现到现在的时间的千分之一。
本文不打算讨论那种认为变异会直接出现在种或属的层次上的无知言论，本文只想强调，尼尔森和皮尔格的实验之所以规定任何变化都必须是小变化，是由于真正会产生效果的变异总是微小的（大变异不会留下后代），在一开始不易察觉并且不必然立即表现出优势或者劣势。
较为通常的情况是，变异者的后代和未变异者的后代在相当长的时间内同时存在，直至外部条件发生变化，自然选择才判定某种变异是优势、劣势，还是根本无关紧要或者可以各行其道，而要做出这种判定同样需要相当长的时间。
眼睛的例子已经很好的驳斥了那种认为复杂装置一开始就必须是完善的，否则就不会起作用的看法。它在肯定进化论的同时也否定了“设计论”。
其他这样的例子比比皆是，无论是蜘蛛网、保护色、拟态、翅膀、心脏还是我们后来必然要谈到的神经系统，都可以肯定进化论而不是否定它。但我们不再做重复的工作，我们只举另外一个例子，一个不像泥蜂那么残忍的例子，以进一步否定“设计论”。
跟每一个个体发育的过程一样，在进化的历程中，睾丸从躯体深部移行进入阴茎后方的阴囊之中。如果这一切是事先设计好的，那么我们有充分的理由可以设想，输精管应该以一种尽可能短的方式存在，以方便将精液输送到终点。
实际情况却与之相反。从睾丸通到尿道去的输精管并没有直接通过去，而是先向上绕到输尿管的后面，再从另一面向下通到尿道，从而使得输精管“挂”在了输尿管上。
没有任何功能上的要求让输精管成为这个样子，万能的神更不会做出如此蠢笨的设计。唯一的可能是，睾丸在向阴囊下降的进化过程中，并没有“意识到”自己应该从输尿管的前面降下去以缩短输精管的长度。它只是没头没脑的降低，虽然每次只降低那么一点点，有无数次改变降低方向的机会，但它偏偏降到了输尿管的后面，从而使得输精管“愚蠢的”挂到了输尿管上。
另外还有一种比较奇特的反对进化论的观点。这种观点认为生命史是物种灭绝史，因为如果真的存在进化，那么生物的种类应该越来越多才对。
这种观点之所以值得讨论，并不是因为它那个自以为是的“生物种类应该越来越多”的理由，而是因为生命史真的是物种灭绝史。
地球上出现生命以来的几十亿年中，先后出现又灭绝的生物不知凡几。它们都曾经是自然选择的优胜者，但最后又都成为了失败者。现存的生物也一样，它们（包括我们）现在可能还是优胜者（有些已然不是了），但难免以后——或早或晚——都要成为失败者，因为毕竟生存条件不会总是那么友好，一旦它变得恶劣并使得生存竞争变得残酷，那些不能赢得竞争的生物就只好退出历史舞台。
进化论从没有试图否认存在着物种灭绝，相反，正是它揭示了物竞天择、适者生存，指出了生物种类是在不断灭绝的同时不断产生。只强调进化论关于产生新物种的一面，而否认它关于灭绝旧物种的另一面，仍然是那种我们曾见识过的“选择性接受”的态度。
采取这种态度的人忙于否认物种在不断创生，而再一次忘了应该负点责任，向我们解释一下是不是所有的物种（包括现存的和已经灭绝的）在一开始都已经创生出来了。由于忌惮姬蜂和泥蜂们的“残忍”可能会让神蒙羞，这一次他们仍然不能去祈求神来出场帮忙。
可若是没有神的帮助，他们就无法做出合理的解释，除非他们能够解释那些化石证据：在较老地层中的化石，其生物结构通常是较原始和较简单的，在年代较新的地层中类似种属的化石则会复杂和高级一些，而且越是复杂和高级的生物，其化石出现的年代越晚。
这里要奉劝那些想要以“复杂生物更适于生存因而灭绝得较晚”来进行解释的人免开尊口，因为是否适于生存并不仅仅取决于是否复杂，否则他们又要解释为什么华南虎已经（野外）灭绝，而蟑螂却活得无比兴旺。
如果没有人认为华南虎的灭绝意味着虎这个种的灭绝，或者意味着猫科动物的灭绝，甚至意味着哺乳动物的灭绝，那么关于进化论就说这么多。这已经足够了——如果仍然有人坚持拒绝进化论，再说得更多也不见得有什么用。
还是让我们解决另一个问题吧：既然我们可以给电脑输入一个软件，我们的心灵为什么就不会是被输入的，虽然我们的心灵显然比电脑高明得多？
—— 未完待续 ——