python直接运行ipynb文件（python kernel和matlab kernel）

 

python ipynb文件转换为python文件的命令行：

 

 

ipython nbconvert --to=python Untitled.ipynb

jupyter nbconvert --to script  Untitled.ipynb

linux命令行下直接运行ipynb文件：

由于nbconvert命令是在ipynb的同级目录生成py文件，并不运行该文件，所以需要两个命令才能运行ipynb文件并输出结果

关于多个命令执行的规则如下：

（1）不考虑前后命令在输入输出上的相关性，仅从逻辑上执行多个命令：

1. [ ; ]

如果被分号(;)所分隔的命令会连续的执行下去，就算是错误的命令也会继续执行后面的命令。

2. [ && ]

如果命令被 && 所分隔，那么命令也会一直执行下去，但是中间有错误的命令存在就不会执行后面的命令，没错就直行至完为止。

3. [ || ]

如果每个命令被双竖线 || 所分隔，那么一遇到可以执行成功的命令就会停止执行后面的命令，而不管后面的命令是否正确与否。如果执行到错误的命令就是继续执行后一个命令，一直执行到遇到正确的命令为止。

（2）考虑前后命令输入输出的相关性，将前一个命令的结果作为后一个命令的参数：

 

 

 

 

 

1. 符号：` `
名称：反引号，上分隔符
位置：反引号（`）这个字符一般在键盘的左上角，数字1的左边，不要将其同单引号（’）混淆
作用：反引号括起来的字符串被shell解释为命令行，在执行时，shell首先执行该命令行，并以它的标准输出结果取代整个反引号（包括两个反引号）部分

 

2. $() 
效果同` `

3. 命令：xargs
xargs是给命令传递参数的一个过滤器，也是组合多个命令的一个工具。它把一个数据流分割为一些足够小的块，以方便过滤器和命令进行处理。通常情况下，xargs从管道或者stdin中读取数据，但是它也能够从文件的输出中读取数据。xargs的默认命令是echo，这意味着通过管道传递给xargs的输入将会包含换行和空白，不过通过xargs的处理，换行和空白将被空格取代。

 

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管道与xargs的区别：

• 管道是实现“将前面的标准输出作为后面的标准输入”
• xargs是实现“将标准输入作为命令的参数”

4. find命令的-exec参数 xargs：通过缓冲方式并以前面命令行的输出作为参数，随后的命令调用该参数
若忽略 xargs 的 options 来看的话,
cm1 | xargs cm2
可以单纯看成: cm2 `cm1`
因此, find .... | xargs rm 也可作 rm `find ...` 来处理.
然而, 若 find 的结果太多, 可能会超过rm 可能接受的最大argument数量而失败.
xargs优点：由于是批处理的，所以执行效率比较高（通过缓冲方式）
xargs缺点：有可能由于参数数量过多（成千上万），导致后面的命令执行失败
若换成 find .... -exec   rm {} \; 的话, 
因为rm 是" 逐个 " item 去处理的, 则无此忧虑

 

实践：

现在我们既考虑前后命令的逻辑关系，同时考虑前后命令的输入输出关系，将ipynb文件通过命令行执行。

在jupyter lab里面编写Untitled4.ipynb，内容的打印hello：

$(ipython nbconvert --to=python Untitled4.ipynb)&&find ./ -name "Untitled4.py"|xargs python

可以看到打印出来正确结果。也可以这样执行，不用$(),因为本来就会先执行前面一条命令：

ipython nbconvert --to=python Untitled4.ipynb&&find ./ -name "Untitled4.py"|xargs python

仔细分析命令执行过程：1，执行Untitled4.ipynb转换Untitled.py文件，该命令不会输出任何东西；2，执行find命令，查找当前目录下生成的Untitled.py文件，该命令会输出Untitled.py文件；3，通过xargs将2中输出的文件作为 python 命令的参数，相当于python Untitled4.py

或者：

ipython nbconvert --to=python Untitled4.ipynb&&python  ./Untitled4.py

同样可以给执行的python命令输入参数，以下是galaxy的tool_conf.xml文件命令部分：

 

，比如在juypter lab编写了Untitled.ipynb文件，打印x=3: