GWAS进阶备选
0 原理
啊，全基因组关联分析（GWAS）的计算原理，了解一下？
1 分析流程
GWAS分析基本流程及分析思路
2 数据处理
2.1 数据质量过滤
GWAS基因芯片数据预处理：质量控制（quality control）
2.2 正负链翻转（stand flip）
数据合并，踩不完的坑
2.3 基因型数据填补（imputation）
soga，网页版的基因型填充可以这么做（genotype imputation）
2.4 群体分层校正
GWAS群体分层 (Population stratification)：利用plink对基因型进行PCA
EIGENSTRAT除了用来计算PCA，还可以干嘛
群体遗传分析分层校正，该选用多少个PCA?
3 关联分析
GWAS: 曼哈顿图，QQ plot 图，膨胀系数（ manhattan、Genomic Inflation Factor）
4 meta分析
只用一行命令，就可以学会全基因组关联分析(GWAS)的meta分析
5 条件分析
GWAS条件分析（conditional analysis）：作用，步骤，结果解读
6 基因多效性
啊啊救救我，为何我的QQ图那么飘（全基因组关联分析）
7 GWAS后续分析
SNP在世界地图上的频率分布
GWAS：拒绝假阳性之case和control数量比例严重失衡的解决方案（SAIGE模型的应用）
GWAS后续分析：LocusZoom图的绘制
利用GCTA工具计算复杂性状/特征（Complex Trait）的遗传相关性（genetic correlation）
GWAS系列分析：多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算
有相关性就有因果关系吗，教你玩转孟德尔随机化分析
LD SCore计算基因多效性、遗传度、遗传相关性
查询、下载GWAS目录数据的R包(gwasrapidd)
DEPICT实现基因优化、gene set富集分析、组织富集分析（tissue enrichment）
SNP功能注释网站合集
8 相关文献阅读
常见变异影响常见疾病，罕见变异影响罕见疾病？
什么！GWAS研究中case和control的比例是有讲究的？
阿尔兹海默症和代谢指标在大规模全基因组数据的遗传共享研究
GWAS文献解读：The stability of educational achievement
全基因组关联分析（GWAS）扫不出信号怎么办（文献解读）
补充
GWAS其他教程：
www.transplantdb.eu/sites/transplantdb.eu/files/HandsOnTutorialtoGWAS_Seren-030715.pdf
https://doc.goldenhelix.com/SVS/tutorials/snp_gwas/index.html
ccbb.jnu.ac.in/IUBDDJan2015/workshop_files/GWAS Tutorial.pdf
https://www.r-project.org/conferences/useR-2009/slides/Zhao+Tan.pdf
users.du.se/~lrn/NOVAComputerExercises/NOVA_GenABEL_tutorial.pdf
http://gsea4gwas-v2.psych.ac.cn/docs/tutorial.jsp
www.montefiore.ulg.ac.be/~kvansteen/GeneticEpi-UA2/Class5/Introduction to GenABEL.pdf
看看文献，加深对GWAS的理解：
A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality control and statistical analysis
Genome-wide association studies and beyond
Genome-wide association studies
参考资料来自：
作者：橙子牛奶糖
链接：https://www.jianshu.com/p/926bef62929d