细胞计数python

要求

1.给定一个文件夹，里面还有多个子文件夹

2.根据.xml文件，自动统计不同细胞的个数

思路

1.将.xml文件转化为.csv文件
2.利用value_counts()计算

代码

第1段：主要是将.xml文件转为.csv

.xml文件（已有的文件）

.csv文件（代码生成的结果）

import os
import glob
import pandas as pd
import xml.etree.ElementTree as ET
 
def xml_to_csv(path):
    xml_list = []
    for xml_file in glob.glob(path + '/*.xml'):
        tree = ET.parse(xml_file)
        root = tree.getroot()
        for member in root.findall('object'):
            value = (
            
                     member[0].text,
                     int(member[4][0].text),
                     int(member[4][1].text),
                     int(member[4][2].text),
                     int(member[4][3].text)
                     )
            xml_list.append(value)
    column_name = ['name', 'xmin', 'ymin', 'xmax', 'ymax']
    xml_df = pd.DataFrame(xml_list, columns=column_name)
    return xml_df

第2段：我在桌面上建立一个文件夹，命名为csv，该文件用来存.csv文件，其路径为：C:/Users/晓/Desktop/csv/

	dirs = []
    image_path = '图片的路径'
    for info in os.listdir(image_path):
        print(info)
        dirs.append(info)
    print(dirs)
    i = 1
    for dir in dirs:
        #print (dir)
        path = image_path + dir
        #print(path)
        xml_df = xml_to_csv(path)
        save_path = 'C:/Users/晓/Desktop/csv/' + dir + '.csv'
        #print(save_path)
        xml_df.to_csv(save_path, index=None)
        print('序号{}:'.format(i)+"Successfully converted xml to csv.")
        i = i + 1

第3段：将各个.csv文件转为一个总.csv文件，主要是为了计算所有子文件夹细胞的总数

import os
import pandas as pd
lcvs=[]
for info in os.listdir('C:/Users/晓/Desktop/csv/'):
    domain = os.path.abspath(r'C:/Users/晓/Desktop/csv/') #获取文件夹的路径
    info = os.path.join(domain,info) #将路径与文件名结合起来就是每个文件的完整路径  
    lcvs.append(pd.read_csv(info,engine='python'))
    nf=pd.concat(lcvs)
nf.to_csv('C:/Users/晓/Desktop/csv/all.csv')

第4段：计算每一类细胞的个数，会在桌面上生成一个result.txt文件

import os
import pandas as pd

texts = []
for info in os.listdir('C:/Users/晓/Desktop/csv/'):
    domain = os.path.abspath(r'C:/Users/晓/Desktop/csv') #获取文件夹的路径
    #print(info)
    texts.append(info)
   
    info = os.path.join(domain,info) #将路径与文件名结合起来就是每个文件的完整路径  
    data = pd.read_csv(info,engine='python')
    n2=data.name.value_counts()
    n3="totall" + "  " + str(data.shape[0])
    texts.append(n2)
    texts.append(n3)
    
    with open('C:/Users/晓/Desktop/result.txt', 'a', encoding='utf8') as f:
        strtexts = str(texts)
        strtexts =strtexts.replace('Name: name, dtype: int64,', '').replace(',','\n').replace('[','').replace(']','').replace('','')
        print(strtexts)
        f.write(strtexts + "\r\n")