Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用

Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用

第一天
	内容	主要知识点
	从蛋白质折叠到蛋白质设计 教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。	蛋白质折叠与结构预测简介 主链二面角与二级结构 侧链堆积与三级结构 蛋白质设计简介 蛋白质设计的分类及应用
	Rosetta基础 三. 蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础 教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。	Pose/mover/scorefunction LINUX 入门命令 用户属组及权限 目录文件属性 LINUX基础命令 环境变量 shell常用命令练习 conda介绍
	结构扰动与结构优化 五．序列设计 PackRotamer和FastDesign 教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。	Minmover,  MC Mover, Fastrelax mover 5.1 Movemap RosettaScript组成和要素 6.1 Filter ResidueSelector  TaskOperation 6.2 DSSP/Disulfidize Mover
第二天
	内容	主要知识点
	六. 蛋白-蛋白对接基础   教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。	Translat和rotation mover Low resolution的全局搜索 High resolution的精细调整 FoldTree
	七. 抗体设计 教学目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令	抗体结构文件的处理 PyIgClassify 抗体抗原对接模型 CDR区优化 Framework区优化 案例实践： SSD和MSD设计任务
	八. CartisenDDG 突变扫描 九. RosettaScript应用 教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。	序列与结构设计 Input和Output flags控制输入输出 CleanAtom结构预处理 ROSETTACLASH.LOG和   RosettaCommons ResFile等辅助文件 小改中改与大改 练习答疑 案例实践： FastDesign设计任务