环境信息
| 项目 | 值 |
|---|---|
| 操作系统 | Ubuntu 18.04.6 LTS |
| cpu | 8核 |
| 内存 | 16G |
| g++ | 7.5.0 |
| Python | 2.7.17 |
| rosetta | rosetta 3.13 |
安装
安装依赖库
sudo apt-get update
sudo apt-get install libboost-dev配置环境变量
编译文件~/.bashrc 添加以下内容
export ROSETTA=/root/rosetta_src_2021.16.61629_bundle
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATHROSETTA修改为源码目录
安装HDF5
从这里下载hdf5源码，基于源码进行安装
cd hdf5-1.12.0
./configure --prefix=/usr/local/hdf5 --enable-fortran
make
sudo make install
sudo make check-install安装成功后需要添加环境变量，同样编辑文件，添加以下内容
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial执行source ~/.bashrc命令使其生效
hdf5安装成功后默认lib文件存放在/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial目录下，头文件(.h文件)存放在/usr/include/hdf5/serial下
修改配置文件
修改rosetta配置文件，配置文件位于osetta_src_2021.16.61629_bundle/main/source/tools/build/site.settings，将原来的配置项
"include_path" : os.environ["INCLUDE"].split(":") if "INCLUDE" in os.environ else []修改为
"include_path" : os.environ["INCLUDE"].split(":") if "INCLUDE" in os.environ else [] + ["/usr/include/hdf5/serial/"],/usr/include/hdf5/serial/就是hdf5的头文件所在目录
安装
cd $ROSETTA/main/source/
./scons.py -j 20 mode=release bin extras=hdf5-j 20 表示开启20个线程同时编译，这个需要视服务器配置合理设置，如果设置过高，会消耗大量内存，如果内存不够编译会失败。如果一切顺利，显示以下日志表示编译成功
scons: done building targets.