基于R语言的物种气候生态位动态量化与分布特征模拟

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一：引言

1) 物种气候生态位理论

2) 物种分布特征与物种分布模型的基本原理

3) R语言基础 (R语言环境设置和基本操作、数据导入、处理和可视化)

二：数据获取与处理方法

1) 数据获取途径与方法

模型所需数据类型，常用数据库与数据获取方法。

2) 数据清洗与变量选择
模型数据输入格式与数据选择标准，用多种方式实现数据清洗与变量选择

三：组合物种分布模型（Ensemble Species Distribution Model）

1)组合物种分布模型算法原理与参数组成

常用算法：通用加法模型（GAM）、广义线性模型（GLM）、多元自适应回归（MARS）、分类树分析（CTA）、广义增强模型（GBM）、最大熵(Maxent)、人工神经网络(ANN)、随机森林(RF)、支持向量机(SVM)

目标：掌握不同算法的原理与参数设置方法

2)物种分布特征模拟

分别基于单一算法与组合算法进行物种分布特征模拟，并读模拟结果。

目标：可独立使用R语言完成物种分布特征模拟。

3)效果评价

评价指标：接收操作特征 (ROC) 曲线 (AUC) 下的面积、Cohen 的 Kappa 系数、遗漏率、灵敏度（真阳性率）和特异性（真阴性率）

目标：了解不同评价指标计算原理。

4）物种分布特征预测

内容与目标：设置不同情景，实现物种适生区预测

四：拓展

1)物种气候生态位动态量化

以入侵物种互花米草为例，分析量化物种在原产地与入侵地之间的生态位的差异性。主要步骤：二维网格物种地理空间和环境空间的定义、应用核平滑计算二维环境空间的气候密度、通过随机检验方法对原产地和入侵区气候生态位的相似性进行统计检验，量化入侵区相比原产地的气候生态位动态等。

2)物种适生区质心转移

基于物种在不同时空尺度的模拟结果，统计并分析物种适生区变化情况，并在空间上实现质心转移的可视化分析。

五：结果分析与论文写作

1)不同算法结果解读、比较

2)论文制图与写作技巧

六：案例分析

1)基于单个物种分布模型的案例

2) 基于组合物种分布模型的案例

七：总结

1)物种分布模型的局限性和未来发展方向