APK需要被重打包，势必是为了修改其中的代码，可能是dex，可能是so，可能是dll（unity3d），也可能是某个脚本等等，重打包后签名（未泄露）就会被改变。
不管怎样，可以确定的是签名和其中的某些文件会被修改。
那么防止重打包的主要目标就是检测这些修改
在保护之前，先来说说cracker可能会干的几件事：
1.爆破。直接修改代码，常见于纯java编写的或者简单的so校验。
2.脱壳。如果方法1不行，那可能是APK被加固了，所以可以考虑脱壳后再修改。局限性很大，困为很多壳脱出来没法直接打包运行。但是脱壳可以了解程序逻辑，为方法3做准备。
3.内存补丁。如果方法2不行，那就不脱壳了，根据程序逻辑，可以直接加载自己编写的so打内存补丁跳过检测。
4.hook，这可能是最近几年用得最多的方案了。上面所有方法试了不行（或者懒得试了），就要走上hook这条路了。
针对以上，可以做的事：
1.针对爆破。这没啥好说的，把校验写进so，复杂一点，花里胡哨一点，再弄个ollvm，或者加个壳。
2.针对脱壳。上文就说了，很多壳脱出来直接打包是不行的，也有些壳是脱不了的，比如java转c（保护java代码），vmp（保护so），加壳之后原指令彻底消失不见，也就不存在脱壳的说法了。
3.针对内存补丁。这个方法其实很冷门，因为内存补丁对逆向要求较高，有能力读懂ollvm和加壳后的so的逻辑的，基本很难阻止他做事了。
4.针对hook：
做为最热门的方法，有必要单独拎出来多说几句。
a)检测hook。方法太多了，各种hook都有或多或少的特征，要注意的是，会有诸如《通过hook绕过hook检测》之类的文章……今天你hook我，明天我检测你，后天你跳过我的检测，大后天我检测你跳过我的检测……对抗永无止境。
b)不被hook。怎样不被hook？自己写函数。用java代码来举个例子，有一个bytes数据要计算它的md5，最简单的MessageDigest.getInstance("MD5").digest就完事了，如果调用了公共库，那么就容易被hook住，然后就bytes数据暴露了，计算结果也被修改了。所以多用原生类型自己写函数吧。
下面开始真正做事
1.对某些关键的逻辑（如果逻辑是用java写的，可以先套java转C壳）加一个壳。
2.这个壳的静态代码中不存在任何svc特征，一旦加载so，先进行完整性校验，当校验需要读取APK时，释放svc代码执行读取操作，这样在内存搜索不到svc，也就无法被hook。如果要校验maps中是否有hook框架也在这里进行。
3.当校验通过，再执行真正的程序逻辑，并且此时原程序逻辑的so是碎片化的（就像java的指令抽取），此时从内存dump出来的so也是不完整的，所以无法脱壳出原so。
以上，实现了防爆破（加壳无法修改），防脱壳（so分解了，无法脱壳），防hook（svc即插即用，无法hook，除非改内核）。
然后，就只有内存补丁一条路了。
APK内的AndroidManifest.xml，resources.arsc，classes.dex，这3个文件全部修改一下，就会触发完整性保护。有兴趣的可以试试。