ascp/aspera对于生信中较大数据的下载上传是非常快速的,谁用谁知道!像NCBI(GEO/sra)就是在用,总之两个字:真香!。今天来教大家如何安装ascp以及如何利用ascp从GEO下载数据。在这里呢,我已经给大家下载好了,在下面网盘中下载就行了,设置的永久有效哦。
链接:https://pan.baidu.com/s/18yRK_2mVnKM_IeXrcWpbyg
提取码:eyvb
1.安装ascp
bash /你的ascp放的路径/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh
安装完成后,应该会出现下面的提示:
Installing Aspera Connect
Deploying Aspera Connect (/home/lyq/.aspera/connect) for the current user only.
Unable to register protocol handler, Aspera Connect won't be able to auto-launch
Unable to update desktop database, Aspera Connect may not be able to auto-launch
Restart firefox manually to load the Aspera Connect plug-in
Install complete.
2.把ascp添加到.bashrc中
在这里需要注意是/home/lyq是我的用户路径,这里要修改成你自己的用户路径。然后source一下.bashrc文件使新加的环境变量生效。
echo "export PATH=\$PATH:/home/lyq/.aspera/connect/bin" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
3.检查ascp是否安装成功
在命令行窗口输入ascp,出现下面提示信息,说明你已经安装成功
Usage: ascp [OPTION] SRC... DEST
SRC to DEST, or multiple SRC to DEST dir
SRC, DEST format: [[user@]host:]PATH
Display full usage: -h,--help
4.用ascp下载GEO数据
ascp -v -k 1 -T -l 200m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/geo/series/GSE145nnn/GSE145154/suppl/GSE145154_RAW.tarz .
我把平时写的文章和日常学习积累,资料等都会更新到我的博客上,欢迎各位小粽子们来学(bai)习(piao)。[InfoStudio - 欢迎来到科研君博客的小伙伴们](http://81.69.237.191/)