linux笔记

1.cd /share/disk5/suke 和cd两个目录阔以使用 2. conda create -y --name bioinfo python=3.7 conda activate bioinfo 根据项目创建所需环境，以后可以某一系列只激活这个环境 3.安装qiime2 wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.4-py36-linux-conda.yml 下载建立qiime2 环境所需的所有文件目录； conda env create -n qiime2-2019.4 --file qiime2-2019.4-py36-linux-conda.yml 更新 任意目录进入qiime2： source activate qiime2-2019.4 退出：source deactivate 更新qiime2： conda update -n base -c defaults conda 4.shell脚本比对txt提取样本 ``` sed "1d" /share/disk5/zhuqh/16S/3groups_with_clinical_info_190/mapping.txt|awk '{print $1}' > tmp while read line;do cp -r $line delete_dir/.;done