GEO数据库：GEO2R的简单使用

今天听了一节关于GEO数据库的课，GEO是什么，又是一头雾水，强迫基因受环境影响出现短暂的表达，赶紧搜索了解下，GEO（Gene Expression Omnibus database）是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据，但是后来也加入了甲基化芯片，lncRNA，miRNA，CNV芯片等各种芯片，甚至高通量测序数据，从文章拿到了GSE的study ID号，登录GEO网站，输入GSE的study ID，就可以看到关于该study的所以描述信息，是用的什么测序平台，测了多少个样本，数据分析等等（GEO的解释摘自于生信菜鸟团的整理：http://www.bio-info-trainee.com/tag/geo）
但是有些GSE序列在GEO网站没有提供GEO2R分析（如GSE111229）。

利用GEO数据库的GEO2R工具分析一个GSE的study ID，操作如下：

• 登录GEO官网
  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
  

  登入GEO 官网.png

• 输入study ID号
  GSE24673 点击“Go”

  
  
  输入登录号.png

• 用GEO2R分析，翻到最底页，就会看到有蓝色图标“Analyze with GEO2R”点击运行。

  
  
  用GEO2R分析数据.png

• 分组，这里分两组，输入英文名字后，按enter键

  
  
  分组命名.png

• 分别命两个组的名字，自己命名如“tumor”，“normal”

  
  
  分为2个组.png

• 选中3个GSM序列放到tumor里，归为第一组。

  
  
  归组1.png

• 选中4个GSM序列放到normal里，归为第二组

  
  
  归组2.png

• 点击运行，翻到页底，点击“top 250”运行。

  
  
  运行比较.png

• 运行中，这过程有点慢，需要耐心等待...

  
  
  运行中.png

• 查看结果1，运行好之后会主动展现一些结果。

  
  
  查看运行结果1.png

• 查看结果2，根据自己想要查看的结果，可以输出（保存）已分析好的结果。

  
  
  查看运行结果2.png

• 也可根据自己的需求查看其它运行的代码，比如查看R脚本，而且可以复制。如果在操作上有不懂的，可以看GEO官网上的视频，视频里有整个过程的详细讲解，点击“YouTube”。

  
  
  查看完整的操作视频.png

• 今天感谢生信技能树齐老师的授课与指导。

课程分享

生信技能树全球公益巡讲

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