Linux集群下安装Seurat/SeuratObject/rgeos出现configure: error: geos-config not found or not executable报错

1.报错

在安装Seurat会出现如下核心报错：

configure: error: geos-config not found or not executable.

2.原因

尝试手动下载解压安装rgeos、从Github上安装Seurat、修改镜像，都不解决问题，因为着根本不是下载的错误。
因为Seurat依赖SeuratObject，SeuratObject又依赖rgeos，集群没有配置没有rgeos的环境，所以报错。

3.解决

1.对于root或有sudo权限的用户：

sudo yum install geos geos-devel

具体可以参考一下：https://www.coder.work/article/7041323
不过亲测geos-devel似乎没有也行

2.对于没有sudo权限小苦逼，有两个选择：
a, 建议使用conda配置R,然后在conda环境下安装就好。(圈起来，最推荐)

conda install -c conda-forge r-rgeos
# ps, 直接 conda install r-rgoes 是会失败的

这是anacoda官方的rgeos下载方式：https://anaconda.org/conda-forge/r-rgeos
b, 直接去官网下载对应版本的源码，解压编译，配置到环境。

#以最新的版本举例：
wget http://download.osgeo.org/geos/geos-3.9.3.tar.bz2 #下载
tar -xvf geos-3.9.3.tar.gz #解压
cd ./geos-3.9.3 #到包路径下
./configure --prefix=/opt/geos-3.9.3 #生成Makefile，/opt/geos3.9.3为定义的安装位置，如果你没有/opt/写的权限，记得换
make #编译
make install  #编译安装软件（开发环境）,目录是你自己选的
#然后把这里路径下的bin加入到你的.bashrc之中，source .bashrc

geos源码链接：http://download.osgeo.org/geos/
然后就可以在R里面试试install.packages('rgeos')了。

最后，rgeos安装成功后，就可以愉快地安装SeuratObject和Seurat，开始单细胞分析啦~