RDKit 源码编译安装gnina,遇到的错误笔记

无法访问Google下载Comic_Neue字体

如果您希望在编译安装RDKit时使用已经下载好的字体包,您可以将字体包放置在${RDKit_DataDir}/Fonts/目录下。请注意,${RDKit_DataDir}是一个变量,它表示RDKit数据目录的位置。您可以在编译安装RDKit时查看该变量的值。

例如,如果您已经下载了ComicNeue-Regular.ttf字体文件,您可以将其放置在${RDKit_DataDir}/Fonts/目录下。然后,在编译安装RDKit时,脚本将检测到该文件并跳过下载步骤。

cmake

cmake -DRDK_INSTALL_INTREE=ON  -DRDK_BUILD_CPP_TESTS=ON  -DPYTHON_NUMPY_INCLUDE_PATH="$(python -c 'import numpy ; print(numpy.get_include())')" -D Boost_NO_SYSTEM_PATHS=ON -DBOOST_ROOT=/data2/rjli ..


安装gnina时,需要rdkit,但是源码编译太难了,有一种方法,使用conda安装好的rdkit包的文件来满足别的软件的安装依赖:

您可以在gnina的CMakeLists.txt文件中指定RDKit的库文件路径。例如,您可以将以下行添加到CMakeLists.txt文件中,用您的conda环境中RDKit库文件的实际路径。

set(RDKIT_INCLUDE_DIR /data2/rjli/anaconda3/inc

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