Velvet安装与试用

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[TOC]

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安装环境

Ubuntu18.10
velveth - simple hashing program
Version 1.2.09
velvetg - de Bruijn graph construction, error removal and repeat resolution
Version 1.2.09

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安装

sudo apt install velvet
也可以从官网下载
https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/

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试用

使用手册：
https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/Manual.pdf

在手册里搜索velveth和velvetg可以查看使用这两个命令的方式。
先用velveth然后velvetg
手册里还有输出文件的说明。

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问题

但是生成的文件我没弄明白
比如 由sample.fa经过velveth生成的Sequences,然后经过velvetg生成的contigs.fa，Sequences.fa里的序列和sample.fa里的一样，但是改了格式又加了一些数字，但是contigs.fa里数据变了，没看懂咋回事。