如何在MAC M1芯片上安装R的Bioconductor包

苹果的m1芯片已经出到了第二代的m1pro/max版本了，不少同学也是用上了新的macbook，m1芯片的优点我们已经有目共睹。虽然新版本的R的新版本和cran上的标准包如ggplot2等也已经原生的支持了m1。但是Bioconductor的包或者一些github上的包还是需要我们通过编译安装的方式进行的。

对于m1的电脑，当我们尝试用过BiocManager::install()进行安装时，部分包会出现提示错误。下面我以DESeq2包为例，尝试直接安装提示错误：

make: /opt/R/arm64/bin/gfortran: No such file or directory
make: *** [ttest.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘ DESeq2’

这里需要我们确认好三件事情：
1.正确的安装好gcc，终端输入gcc看看是否有改命令，如果没有通过命令brew install gcc安装；
2.正确的安装好gfortran，如果没有安装好通过命令brew install gfortran进行安装。
3.安装Xcode command line tools,终端输入xcode-select --install

接下来就是重点操作了：

首先查看一下gcc的路径，用 brew list gcc命令进行查看：

查看gcc路径

如我这里可以看到路径在/opt/homebrew/Cellar/gcc/11.2.0_3
终端输入如下命令：

mkdir ~/.R
touch ~/.R/Makevars

随后编辑Makevars文件，vi ~/.R/Makevars

VER=-11
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CXX11=g++$(VER)
CXX14=g++$(VER)
CXX17=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/opt/homebrew/Cellar/gcc/11.2.0_3

注意：最后的FLIBS需要和你上面的路径对应！！VER=-11这个数字取决于你的gcc版本！！
将安装的gfortran的路径链到R目录：
sudo ln -s /opt/homebrew/bin/gfortran /opt/R/arm64/bin/
这个时候我们重新安装，最好在命令行用R安装，用rstudio有时候会出现莫名错误！！

安装成功

就可以顺利安装了。

总结：

导致安装失败的原因有几个：

1. 没有安装gcc，mac自带的是clang大部分的源码是可以编译通过的，但是部分不行；
2. 没有安装Xcode command line tools导致缺少了c++的头文件；
3. 没有指定使用gcc去编译，需要配置~/.R/Makevars去实现；
4. gfortan没有制定，通过软链解决。

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