freeesurfer---recon_all--重建

• 每次使用前都需要配置环境变量

  • 

  • export FREESURFER_HOME=$Computer/usr/local/freesurfer #freesurfer文件夹位置
  • export SUBJECT_DIR=$Computer/usr/local/recon #recon预处理文件所在位置 ？
  • source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh #相当于python中的active-激活
• recon-all -s /user/local/reconresult1 -i /usr/local/T1.nii -all -qcache -parallel
  • recon-all
  • -s（subjects-文件放置位置） /user/local/reconresult1
  • -i（inport-待处理数据文件夹） /usr/local/T1.nii
  • -all（走完全部步骤）
  • -qcache（按照给定的标准空间/标准脑空间进行预处理） -parallel（左脑和右脑并行处理-减少时间）
  • 分两步处理