GREAT网页版学习笔记（预测顺式调控元件）

参考文章：
1.使用GREAT对peak进行功能注释
2.用网页版工具GREAT来对CHIP-seq的peaks进行下游功能分析

前几天老板心血来潮，在视频里教给我一个软件的使用，这款软件叫做GREAT。软件的网页版网址：http://great.stanford.edu/public/html/

GREAT是一款用来预测顺式调控区域的软件。

目前最新版的GREAT（4.0.4）只支持human和mouse基因组。如果你想分析其他物种，比如斑马鱼，你需要选择3.0.0版来分析。

怎么选择不同版本的GREAT呢？首页左上角就可以：

1.这个软件是做什么用的？

许多编码基因都有它们各自的生物学功能注释。然而非编码区域通常缺失注释。GREAT通过分析附近基因的注释，从而给一组非编码基因区域分配生物学意义。因此，这个方法就有利于我们分析非编码区域的顺式功能。顺式调控区域可以通过实验（比如CHIP-seq）和计算的方法来鉴定。

2.你需要上传什么文件？

一般来说，在你得到CHIP-seq或者ATAC-seq结果后，你可以得到不同分组的差异peaks。那么拿到这些peaks以后，你需要把它们存成bed文件，像下面这样：

一共三列，第一列是染色体号，第二列是peak的起始位置，第三列是peak的结束位置

3.如何分析？

打开GREAT网页版：

提交后，会弹出新的页面：

另外，点开页面上方的Job Description那块的“+”号：

会弹出新的页面，你会得到两种表格：

选择你想要下载的表，老板说一般下载右边这个，点击“Download table as text”就可以了。表格里每一行的括号里面的数字就是这个peak距离相关基因TSS的距离。

看起来还是挺容易的。有的同学会问，这个软件的目的是干嘛呢？拿到的这些基因列表又有什么意义呢？在老板视频教我怎么使用这个软件之后，我也问了同样的问题。他说：你的RNA-seq的数据告诉你哪些基因mRNA水平上调了，哪些下调了，但是你不知道这些上调或者下调的基因，它们在染色体上的调控元件是不是真正的打开或者关闭了。有可能一个基因下调了，但是它的调控区域打开了，只是binding了一个抑制它转录的一个TF而已。而有的基因下调了，是因为它的调控区域关闭了，使得促进它转录的TF无法接近它，导致了它的下调。当然这个软件只能预测，真正是否某一个peak关联一个基因，还需要实验去证明。