miniconda的安装与使用

最近装bioconda走了很多弯路，记录下来以便自己回顾学习~

虚拟机：VMware    系统：bio-linux-8

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安装教程参考这里：

http://www.360doc.com/content/18/0715/20/19913717_770622175.shtml

#下载和安装miniconda

$ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#下载完成后在终端中安装

$bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

按照提示安装，完成后

$source ~/.bashrc #使以上的安装立即生效

此时出现报错：command not found: shopt

原因：linux 配置./bashrc 错误。系统使用的是zsh，故应该把bash换成zsh

参考：https://blog.csdn.net/weixin_30709809/article/details/97087306

解决方法：$source ~/.bashrc  改为：$source ~/.zshrc   成功~~

#输入以下命令检验miniconda是否安装成功

$ conda list

然后利用conda install 软件名+版本号安装软件即可，此时我需要安装的软件是hisat2、stringtie、samtools，安装的命令为：

$ conda install hisat2

安装报错：conda安装环境报错：Solvingenvironment: failed with initial frozen solve.

解决方法1：

参考：https://blog.csdn.net/weixin_41622348/article/details/100582862

更新conda到最新版本：conda update -n base conda

再查一下conda版本：conda -V

并不是最新版本conda 4.7.11

第二次更新conda到最新版本：conda update -nbase conda

第二次很重要！！！而且，这次它读环境的时候贼慢，我以为我电脑卡死机了呢，半年不动弹，等着就行了

更新完后再查一下conda版本：conda -V，发现是最新版本conda 4.7.11

然后执行：conda update --all

然后，装啥啥好使，整啥啥好使，啥啥都好使，好使就完事了！！！！！！

（然鹅，我的问题并没有解决）

解决方法2：

参考：https://www.cnblogs.com/hellojiaojiao/p/10790273.html

浏览器打开https://anaconda.org。查所要安装的包（如：samtools），会显示可用的版本。选择适合自己的版本（bioconda/samtools）。如选择的是,在命令行中输入：

$ conda install -c https://conda.anaconda.org/bioconda samtools  注意bioconda和samtools之间没有“/”。

（成功）

终极解决方法：

参考：https://www.cnblogs.com/RB26DETT/p/11620693.html

应该是路径中没有添加需要安装包所在的channel导致, 可以通过下面的方法彻底解决：

终端中输入代码：

conda config--add channels bioconda

再通过conda或者pip安装自己需要的包就不会再出问题了。