从女性生殖系统（FRS）中培养出多种微生物，包括乳酸杆菌属（Lactobacillus spp.）、葡萄球菌属（Staphylococcus spp.）、棒状杆菌属（Corynebacterium spp.）、链球菌属（Streptococcus spp.）、肠球菌属（Enterococcus spp.）、白色念珠球菌（Can. albicans）、双歧杆菌属（Bifidobacterium spp.）、阴道加德纳杆菌（Gardnerella vaginalis）、丙酸杆菌属（Propionibacterium spp.），革兰氏阳性厌氧球菌（Gram-positive anaerobic cocci，GPAC）、肠杆菌科（Enterobacteriaceae）、拟杆菌属（Bacteroides spp.）、卟啉菌属（Porphyromonas spp.）、普雷沃特拉菌属（Prevotella spp.）、梭状芽胞菌属（Clostridium spp.）、梭杆菌属（Fusobacterium spp.）、韦荣氏球菌属（Veillonella spp.）、尿素菌属（Ureaplasma spp.）和支原体（Mycoplasma spp.）。基于非培养学方法检测到的序列对应于600多个种水平分类群。
尽管检测识别到大量物种，然而基于培养和非培养学方法研究均表明，孕龄健康女性阴道和宫颈菌群仅由少数物种（通常少于10个）主导。
1.多数女性中乳酸杆菌是阴道和宫颈菌群的重要成员
自1892年Doderlein从阴道中分离出一种乳酸杆菌以来，尤其是在月经初潮和绝经（PMPM）个体中，乳酸杆菌被认为是阴道的主要菌种。该物种最初被称为“Doderlein杆菌”，但在1928年被命名为嗜酸乳杆菌，因为它能够产生乳酸，导致阴道pH值低。50多年后，人们意识到该微生物不是一个单一物种，而是一组密切相关的物种群，被称为“嗜酸乳杆菌复合体”。在DNA同源性的基础上，这个复合体的成员被确定为嗜酸乳杆菌（L. acidophilus）、詹氏乳杆菌（Lactobacillus jensenii）、惰性乳酸杆菌（L. iners）、卷曲乳酸杆菌（L. crispatus）、解淀粉乳酸杆菌（Lactobacillus amylolyticus）、噬淀粉乳杆菌（Lactobacillus amylovorus）、母鸡乳杆菌（Lactobacillus gallinarium）、格氏乳杆菌（L. gasseri）和约氏乳杆菌（Lactobacillus johnsoni）。在阴道中发现的大多数乳酸菌均是该复合体的成员，但除了以上乳酸菌外，在阴道中还发现了另外10种乳酸菌。乳酸菌虽然分布如此广泛，但只有少数物种在阴道菌群中占主导地位，它们分别是卷曲乳酸杆菌（L. crispatus）、詹氏乳杆菌（L. jensenii）、格氏乳杆菌（L. gasseri）和惰性乳酸杆菌（L. iners）。乳酸菌有一些特性（详见表1），使它们能够在阴道和宫颈中得以生存，并时常占据主导地位。
1.1 生殖系统菌群的获取和生存
源于母亲的雌激素经胎盘转移至新生儿，因而新生儿阴道上皮细胞与PMPM女性阴道上皮细胞相似。因此，新生儿阴道上皮细胞糖原含量较高，且由于乳酸和乙酸的产生，pH值大约为4.5。对于经阴道自然分娩的新生儿来说，乳酸菌在出生后24小时内可以在新生儿阴道内发现，这种阴道环境是乳酸菌和母亲阴道菌群其他成员定植的理想环境。然而，对于那些非耐酸性和不能忍受缺氧环境的微生物来说，构成了一个相当恶劣的生态。对于剖宫产分娩的新生儿而言，许多环境中的微生物在新生儿阴道也难以定植。
2.FRS菌群随着FRS与年龄有关的结构和生理学变化而随之产生响应
目前对新生儿、婴儿或年轻女孩阴道菌群进行非培养性研究鲜有报道。因此，对这些年龄组阴道菌群的了解是基于培养学的研究结果。新生儿的阴道菌群最初以乳酸菌为主，与初潮后女性的菌群相似。然而，在最初的3-4周内，随着雌激素水平的下降，阴道上皮的厚度及其糖原含量减少，导致pH值逐渐上升到约7.0。菌群也相应发生变化，变得高度混沌，没有特定的优势物种。从初潮前女孩阴道中分离出的物种平均数量通常少于10个，其中近一半是专性厌氧菌。常见分离微生物是革兰氏阳性厌氧球菌（GPAC）、凝固酶阴性葡萄球菌（CNS）、革兰氏阴性兼性杆菌（GNFB）和类白色念球菌。由于这些微生物普遍存在于皮肤或肠道中，意味着这些身体部位的菌群是初潮前女孩阴道微生物的主要来源。
在月经来潮前约2年，雌激素水平上升，导致阴道上皮增厚，糖原堆积，pH值下降。这就为PMPM女性的群体特征创造了一个合适的环境。
在成年人中，阴道微生物定植的其他来源可能是在性交和前戏的过程中，由阴茎和口腔引入。
伴随着绝经期的雌激素水平下降，导致阴道上皮变薄，糖原含量减少，pH值升高。因宫颈阴道分泌物减少，微生物可利用的营养供给也发生了巨大变化。阴道菌群则变得更加多样化。
宫颈菌群来自于阴道微生物定植，而外阴可能来源于阴道、皮肤和肠道微生物定植。
2.1 栖息在生殖系统内不同部位的微生物群落性质
身体任何部位的菌群组成受多种因素影响，包括年龄、性别、个人卫生、穿衣类型、气候等等。FRS的情况则更加复杂，因为有各种额外因素在起作用，影响FRS内各区域的环境，从而影响菌群组成。这些因素包括性成熟度、是否怀孕、PMPM个体的生殖周期阶段、是否性活跃、从事的性活动类型、是否使用避孕药具及使用方法、是否使用激素替代疗法（绝经后的个体）以及是否使用阴道冲洗剂。
女性阴道菌群系列：
【女性生殖系统菌群之一】女性生殖系统结构、生理与内环境
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