TCGA 官方的gdc用R版本链接的git下载不了怎么办

1、gdc的windows版本可能不稳定，运行终端命令出现如下错误信息：

命令示例如下：

./gdc-client.exe download -m gdc_manifest_CHOL_clinical.txt -d clinical
./gdc-client.exe download -m gdc_manifest_CHOL_Rna.txt -d mrna

RStudio终端命令行显示的错误

在大牛的群里询问了一下，说是软件的问题，有的人重新下载了gdc_client.exe再解压也成功了。教授推荐可在linux上安装gdc_client的linux版本，我在linux的conda环境下看了下，果然有这个软件。

2、linux的conda环境下安装gdc-client并下载数据

conda search gdc-client  #搜索conda环境下的gdc-client
conda install gdc-client=1.5.0  #安装1.5.0版本的gdc-client
gdc-client --help   #判断是否安装成功
mkdir -p TCGA/CHOL/clinical   
cd ~/TCGA/CHOL/
mkdir -p mrna
echo 'export PATH=/trainee2/May5/miniconda3/bin/gdc-client/:$PATH' >> ~/.bashrc   #将gdc-client软件位置添加到路径中
source ~/.bashrc
echo $PATH
ln -s ~/miniconda3/bin/gdc-client  ./    #建立软连接（使后面的命令简洁）
./gdc-client  download -m gdc_manifest_CHOL_clinical.txt -d clinical   #下载数据
./gdc-client  download -m gdc_manifest_CHOL_Rna.txt -d mrna  #下载数据

已验证过，可行。