植物基因组学-专属于小麦的测序数据库IWGSC

今天将为大家介绍小麦的特有的生物学网站，该数据库是由国际小麦基因组测序联盟(International Wheat Genome Sequencing Consortium, IWGSC)维护，是小麦非常重要的测序数据库。

IWGSC 2018年8月17日在Science杂志上公布了六倍体小麦的最新参考基因组[1]。包含14.5Gb参考基因组大小，涵盖107,891个高可信度的基因，此外还有161,537个低可信度的基因。原始测序数据存于NCBI的SRA数据库，登录号为SRP114784。

网址链接：Home - IWGSC

该网址的主要功能菜单，我们常用的是红色圆圈标注的tools和resources选项

一、六倍体小麦的参考基因组获取

选择tools>sequences>v1.0进行下载

进入该页面后，可以看到有主要以下四个功能菜单。

download, blast, browser, intermine

download 界面的参考基因组下载界面

可以看到有全部（all）染色体的基因序列，也有分染色体的基因序列。逐条下载即可

$ wget  https://urgi.versailles.inra.fr/download/iwgsc/IWGSC_RefSeq_Assemblies/v1.0/iwgsc_refseqv1.0_all_chromosomes.zip

二、blast选项

对于研究一个基因序列，最常见和首要的工作相比就是blast了，iwgsc同样也提供了该选项，在线网址操作，非常简单。

输入的序列为fasta序列，进行比对即可。还可以分染色体进行比对，这个非常实用！

三、基因组在线浏览器功能

根据选择染色体可以浏览正义链和反义链的基因序列，包括翻译后的蛋白质，这个功能非常实用，

可以截取指定区间的序列。例如，若要下载1D的1000-100000序列，在以下红方框中选择1D染色体，输入这个序列，点击Go，便可跳至目标区段，如下图。

四、intermine功能

主要包括search和analyse功能

在这里，输入基因ID就可以得到该基因的fasta序列和长度以及物理位置。

还可以批量注释，在analyse选项，输入多个基因，就可以得到多个基因的注释，这个是一个非常高效的工具

点击蓝色字体，就可以详细查看每个基因的注释

五、总结

IWGSC网址功能还有很多，本文只是简单介绍了一些常用的工具。希望各位小伙伴多研究这个网址，必定大有收获。

参考文献：

IWGSC. Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome. Science, 2018, 361(6403): eaar7191.