背景：要安装clusterProfiler做富集分析，BiocManager::install("clusterProfiler")，报各种包安装失败
技能：Linux 和 R 安装包的方式
首先要区分是Linux的包，还是R的包
Linux的包，可以先安装apt-get
然后使用sudo apt-get install pkgname 或者sudo apt install pkgname
如果使用了conda
也可以使用conda install pkgname ，未提升下载包的速度，可以使用国内的镜像，方法是修改~/.condarc文件
安装R下的包时，可以使用R自带的install.packages("pkgname")，切换软件源的方法是chooseCRANmirror()，同样是选择国内源，可以提升下载速度。
也可以先安装BiocConductor，然后使用BiocManager::install("pkgname")，切换软件源的方法是
chooseBioCmirror()，这里又涉及到另外一个问题，如果选择国内源，而你的BiocConductor版本较低，可能找不到想要的包，还是需要切回默认的源。例如北大的源软件包很多只支持3.15以上，我的3.12就找不到想要的包。
建议是安装环境时将主要的包一次性安装好，保证所有的包都是最新且满足依赖关系。
问题1、安装stringi报错依赖库icudt61l.zip无法自动下载的问题
报错的截图没存，大概意思就是下载icudt包失败。原因是文件在外网，网络不通，解决办法：
1，手动下载所需要的文件 icu4c-69_1-data-bin-l.zip 到指定目录，例如/home/bio/tmp/
地址：https://download.csdn.net/download/ytybdgh/86823502
2，在Linux环境下下执行：
R CMD INSTALL --configure-vars='ICUDT_DIR=/home/bio/tmp/' stringi
或者进入R后执行
install.packages("stringi", configure.vars='ICUDT_DIR=/home/bio/tmp/')
如果是已经下载好stringi的文件，通过如下方式升级
install.packages("/home/bio/tmp//stringi_1.7.8.tar.gz", configure.vars='ICUDT_DIR=/home/bio/tmp/',repos = NULL)
问题2 在R里安装systemfonts报错：
核心报错是这一句：
ft_cache.h:9:10: fatal error: ft2build.h: No such file or directory 9
路线 1 按照 这个链接 https://cloud.tencent.com/developer/ask/sof/1168187 里面的解决方案
sudo apt-get update sudo
apt-get install libfontconfig1-dev
结果安装libfontconfig1-dev这个包时依赖的libexpat1-dev 又依赖libexpat1，然后报错当前版本高于需要版本，通过
sudo apt-get install libexpat1=2.1.0-4ubuntu1.4进行降级
之后再根据类似提示对libc6降级时，又需要对大量重要的库降级，就放弃了这条路
路线 2 参照https://blog.csdn.net/qq_41104439/article/details/124708889
通过软链接解决，方法无效
ln -s /usr/include/freetype2/ft2build.h /usr/include/
路线3 从第一个问题和下面这个链接中获得灵感
https://blog.csdn.net/Wing_kin666/article/details/106020600
手动配置INCLUDE_DIR，不再报上面的错误
install.packages('systemfonts',configure.vars='INCLUDE_DIR=/home/bio/miniconda3/envs/rna-seq/include/freetype2/')
新报错如下：
** testing if installed package can be loaded from temporary location
Error: package or namespace load failed for ‘systemfonts’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/home/bio/miniconda3/envs/rna-seq/lib/R/library/00LOCK-systemfonts/00new/systemfonts/libs/systemfonts.so':
/home/bio/miniconda3/envs/rna-seq/lib/R/library/00LOCK-systemfonts/00new/systemfonts/libs/systemfonts.so: undefined symbol: FcFontSetDestroy
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed*
核心报错是 undefined symbol: FcFontSetDestroy
搜索发现这个函数是在fontconfig.h中，于是在Linux环境下，conda环境下，R环境下尝试卸载freetype2,fontconfig
下载systemfonts源文件，阅读configure文件，手动编译，以为安装完成了，还是不行。（需要1 configure 2 make 3 make install ）
阅读configure文件发现存在一个command -v pkg-config 判断是否支持pkg-config,于是通过sudo apt-get install pkg-config安装后继续尝试安装systemfonts,此时报错freetype2
* installing *source* package ‘systemfonts’ ...
** package ‘systemfonts’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
Package fontconfig was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `fontconfig.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'fontconfig' found
Package freetype2 was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `freetype2.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
于是设置PKG_CONFIG_PATH
发现miniconda3/lib 和 miniconda3/envs/rna-seq/lib 下都有freetype2,于是删除了~/miniconda3/lib 目录下的freetype2相关文件
然后将包配置文件目录设置到虚拟环境的环境变量rna-seq中
conda env config vars set PKG_CONFIG_PATH=/home/bio/miniconda3/envs/rna-seq/lib/pkgconfig/
再次执行安装systemfonts，终于成功了，说明pkg-config这个包是一个好的工具，可以把依赖的头文件目录和库目录都配置好，后面安装clusterProfiler也比较顺利了。