LD连锁不平衡和核苷酸多样性(pi,π)的关系

LD连锁不平衡和PI的概念问题在此不再叙述,很多文章说明这些问题。

在此,我想说一下,LD曲线和核苷酸多样性的图的问题。


一般来说,LD连锁程度越高,表明两个SNP之间的相似度越高,那么,对于PI值来说,SNP的多样性就降低了。所以,LD曲线下降越快,PI值就会越高(如上图;引自硕士毕业论文)。

LD衰减曲线在0-50k范围内与pi的趋势相同,当时后面红色的曲线出现差异,我觉得是这个品种的特点导致的,没必要深究;

当然,有一种原因是:计算的时候没有去除杂合的个体。群体中有些个体出现问题了,比如,群体中有些个体比较杂;有些个体不属于该品种而被放到一起,导致PI增高而LD衰减不明显。

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