跟着Nature Communications学作图：synvisio在线工具展示MCScanX共线性分析的结果

synvisio在线工具 链接 https://synvisio.github.io/
之前知道这个工具，但是没有搞懂他的输入数据格式，最近看到一篇论文

Genome-wide signatures of adaptation to extreme environments in red algae

https://www.nature.com/articles/s41467-022-35566-x#Abs1

这里提到了论文中的figure1a是用这个在线工具做的

image.png

而且论文中提供了作图的数据文件，所以搞懂了这个在线工具的输入文件

• 一个是MCScanX这个软件共线性分析的结果
• 一个是四列的制表符分隔的文件 ，四列分别是 染色体id 基因名 基因起始位置，基因终止位置

接下来我们用MCScanX这个软件中的示例数据at_vv.blast 和 at_vv.gff来试一下

首先是安装MCScanX

参考链接 https://www.jianshu.com/p/88dcb3cdd18b

但是这个链接里提到的下载地址我已经打不开了 ，找到了 MCScanX这个软件的github主页，直接从github下载

https://github.com/wyp1125/MCScanX

下载好以后

unzip MCScanX-master.zip
cd MCScanX-master/
make

报错

image.png

我运行了一下javac,提示我

image.png

然后把4个apt命令依次运行一下，这个需要有root权限

然后再make就成功了

这里没有和链接里提到的需要在三个文件开头添加内容

我将 at_vv.blast 和 at_vv.gff 文件放到一个practice文件夹下

cd practice
../MCScanX at_vv

很快就得到了结果

at_vv.collinearity 和 at_vv.gff文件就是 synvisio在线工具作图需要的两个输入文件

首先是upload own data to dashboard上传这两个文件，所有选项都采用默认

然后到synteny dashboard去作图，还是所有选项都是默认

image.png

需要在这里分别选择染色体

image.png

这里遇到一个问题是目前只会做两个物种的，如果有多个物种该怎么办呢？

好像还可以添加额外的信息，但是那个track的文件内容该怎么准备暂时没有想明白

如果需要这两个示例文件可以给推文点赞，点击在看，最后留言

image.png

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