生物信息分析常用文件格式和软件

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文件格式

数据格式

  • fastq
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注释

  • gtf
  • gff
  • bed
  • bcf

比对格式

  • sam
  • bam

工具类

数据质控类

  • cutadapt
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  • trimmomatic
  • fastx-toolkit

序列处理类

  • seqkit
  • seqtk

工具类

  • samtools
  • bedtools
  • bedops
  • bcftools
  • pysam
  • gffutils

比对软件

  • bwa
  • bowtie
  • bowtie2
  • tophat
  • hisat2

扩增子测序分析

  • usearch
  • vsearch
  • mothur
  • qiime1/2

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