Gimms NDVI3g 使用R进行数据下载与处理

Gimms NDVI3g v1 数据产品介绍

关于此数据集处理方式网上找了不少资料，一般都是用matlab或者是R来处理，matlab处理方法直接百度都能搜到很多，这里就不逐一介绍了，主要讲一讲如何用R进行处理，得到整月最大值合成，或者是半月影像。

老板事先安排了数据下载工作，于是就在ecocast用wget下载好了数据，本以为完事了，老板又安排对数据进行提取，得到半月影像数据，尝试了gdal，读取虽然没报错，但是值不对，再加上电脑重装系统没有matlab，但是之前有用过R，于是尝试使用R来处理数据。

在使用R之前也尝试过GDAL来读取，提取半月影像数据，使用gdalinfo看到数据一些信息，一共俩subdataset ndvi包含12个波段，percentile也是12个波段，percentile相当于一个包含精度信息的数据集，里面不同区间的像元值代表了ndvi数据是如何得到的。使用gdal_translate提取的ndvi数据有些问题，之前觉得可能ndvi数据与percentile有关联，不能分开读取，老板认为可能是与gdal或者netcdf版本有关系，这里也没深究。在使用R处理数据前，首先介绍一个R包，gimms，这个是类似于官方的一个R包，专门用来处理Gimms ndvi3g（此数据集分为v0和v1，分别对应envi格式和netcdf4格式）数据，可以对数据进行下载，提取，最大值合成。

在R中进行包管理还是很简单的，直接install.packages("gimms","rgdal") ，rgdal是gimms包的依赖包。

Gimms NDVI3g v1 数据产品处理

接下来直接上代码（本人一直用java，R只是接触过几次，所以代码结构比较混乱），由于提前下载好了数据，所以这里就直接对硬盘上数据进行处理。

# downloadGimms() 可以使用这个函数来下载

#

library("gimms","rgdal")

#这个包还有些函数，可以对数据进行精度控制，这里暂时用不到。

for (value in 1982:2015) {

    fn1 <- paste0("你的输入路径/ndvi3g_geo_v1_",value,"_","0106",".nc4")

    ndvi3g <- rasterizeGimms(x = fn1)

    sprintf("正在读取...%s_%s",value,"0106")

    for (variable in 1:12) {

      name <- paste0("你的输出路径/ndvi3g_geo_v1_" , value ,"_","0106","-", variable, ".tif")

      sprintf("正在处理...%s",name)

      writeRaster(x = ndvi3g[[variable]],filename = name)

    }

}

for (value in 1981:2015) {

  fn2 <- paste0("你的输入路径/ndvi3g_geo_v1_",value,"_","0712",".nc4")

  ndvi3g <- rasterizeGimms(x = fn2)

  sprintf("正在读取...%s_%s",value,"0712")

for (variable in 1:12) {

  name <- paste0("你的输出路径/ndvi3g_geo_v1_" ,value,"_","0712","-", variable, ".tif")

  sprintf("正在处理...%s",name)

  writeRaster(x = ndvi3g[[variable]],filename = name)

}

    }

最大值合成 月ndvi数据处理

gimms_files_date <- downloadGimms(x = as.Date("2000-01-01"),y = as.Date("2000-06-06"),dsn="E:/ndvi")

mvc <- monthlyComposite(ndvi3g_geo_v1_2000_0106,indices = monthlyIndices(gimms_files_date))

ndvi3g <- rasterizeGimms(x = gimms_files_date)

mvc <- monthlyComposite(ndvi3g,indices = monthlyIndices(gimms_files_date))

writeRaster(x = mvc,filename = "E:\ndvi\ndvi.tif")

image.png