生信软件的安装1-SRAtoolkit

写在前面

最近服务器的我最常用的那个节点又坏了，那个环境我搭建的很好，几乎所有数据和软件都在那上面。但是，无奈之下只能换到另一个节点，一切都要从头再来，就包括安装软件，事已至此，趁这个机会，把软件安装流程再总结一下。

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做数据分析，首先总要有数据在手吧，所以如何下载数据很重要。所以我重新在新的节点工作的时候，首先是安装SRAtoolkit，毕竟NCBI存储了几乎所有的测序数据，话不多说，先下载吧。

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64.tar.gz

图1是我们选择的版本，

图1

下载成功后的文件如下，

图2

解压缩，命令如下

$ tar zxvf sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64.tar.gz

为了方便使用，不再引用相对路径，将其加入到环境变量，以后可以直接调用

写入环境变量
$ echo 'export PATH=/~/bin/sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64/bin:$PATH' >>~/.bashrc

$ source ~/.bashrc

之后可以下载数据了，sratoolkit自带的prefetch功能非常强大，关于为什么推荐这个软件，一个英文帖子写的很详细，可以看到它比wget的好处是哪些。

HowTo: Access SRA Data · ncbi/sra-tools Wiki · GitHub

$ prefetch  SRR号码

但是这个命令对SRR文件的大小有限制，一般不超过20G，所以，为了增大，使用以下命令

prefetch --max-size SRR号

这个软件还有很多功能，有时间可以好好钻研一下。