郑成功是民族英雄，他驱逐荷兰殖民者，收复台湾功盖千秋。可是他正要大展宏图之时，却在收复台湾三个月后突然病逝，年仅39岁，留下了无尽的遗憾。
郑成功身经百战，性格勇猛刚烈，一举攻克台湾，意气风发，气吞万里如虎。而他又正值盛年，突然病逝着实让人觉得蹊跷，因此历史上对他去世的原因也有各种说法。有的认为他是暴病而亡，也有的认为他死于谋害，还有人认为他疯了，死于癫狂，总之他的死因成了一个迷。
说郑成功暴病而亡的理由很充分，因为他在收复台湾的战役中历尽艰辛，战役胜利结束时已是心力憔悴。然而还未来得及休养生息，他又接连收到凶讯，身心因此遭受重创。而他又是个非常暴躁刚猛的人，所谓“刚则易折”，身体一下子就崩塌了。
郑成功收复台湾并不是我们一般所了解的那样势如破竹，轻易成功的。而是极其凶险曲折，几度濒临绝境。最后是在苍天保佑下，依靠幸运之神的眷顾才获得了胜利。
郑成功起兵前对台湾的了解并不很充分，以为台湾有良田万顷，上了岛便可以轻易获得补充。
1661年4月21日，郑成功船队从金门料罗湾出发，由投奔过来的荷兰买办何廷斌充当向导，于22日抵达澎湖。由于相信何廷斌所说：“数日到台湾，粮米不竭”，所以大军只携带了几天口粮。
船队25日到达澎湖时遇风暴受阻，很快就面临了缺粮危机。30日晚，郑成功力排众议，下令顶着风浪连夜冒险出发，争取尽快登陆，船队于凌晨抵达鹿耳门外。
要登陆台湾必须让船队进入大员湾，而荷兰人在此修建了坚固的热兰遮城堡，用炮火封锁了主航道。所以郑成功船队只能从荷兰炮火射程外的鹿耳门水道进入。可是鹿耳门水道很浅，大船无法通过，如果船队不能进入大员湾，那么在风暴肆虐的外海可能全军覆没，当年元朝水师就是因为没有进入海湾而被神风吹灭的。神奇的是，郑成功船队到达鹿耳门外时，风暴停了，而且恰遇大潮，水位高涨，船队趁机进入海湾，当荷兰人发现时，大员湾里已是千帆飘扬。
号称“海上马车夫”的荷兰拥有当时世界上最强大的舰队，于是立即派出三艘主力舰前去驱赶郑成功船队。
郑成功父亲郑芝龙创立的郑氏集团以海盗起家，郑氏船队纵横东亚，垄断了那里的海上贸易，其海军也十分强悍。最终荷兰舰队在与郑氏船队的交锋中，猛虎不敌群狼，被歼灭了。可是有一艘名叫“玛丽亚”号的荷兰军舰逃脱，当时郑军中有人担心这艘军舰会去巴达维亚的荷兰东印度公司搬救兵。然而海战经验丰富的郑成功认为当时盛行西南季风，“玛利亚号”不可能逆风到达巴达维亚，他们可以放心攻台。
登陆后，郑军通过几次大规模野战消灭了装备着先进火枪的荷兰主力，被俘的几百名黑人奴隶带着火枪加入了郑军，荷兰总督葵一带领残部退守热兰遮城。
郑成功本想一鼓作气拿下热兰遮城，可这是一座用欧洲最新工程科技垒筑的文艺复兴棱堡，而且城堡中的荷兰火炮拥有绝对优势。郑军没有攻打文艺复兴棱堡的经验，结果在攻城时遭遇重创，损失了大量火炮和一千多名优秀炮手，而此时粮食已经告罄。郑成功无奈之下，只能在围城的同时将带来的两万多人分散到各处屯垦，等收获粮食后再来攻城。
可是郑军在屯垦时与高山族首领“大肚王”统治的原住民发生冲突，被熟悉地形的彪悍原住民数次打败，损失了大量人员；军中断粮之时又有许多士兵因水土不服而患病，可谓雪上加霜；而最糟糕的是荷兰的援军到了。
荷兰当时的航海技术已经超出了中国人的想象，他们的船上有一套复杂的风帆缆索，在经验丰富的水手操作下，可以逆风航行。“玛丽亚”号就是在船长操作下，逆西南季风而行，到了巴达维亚。荷兰东印度公司闻讯后，就派出十二艘主力舰前去救援。
当荷兰舰队出现时，郑成功大吃一惊，因为这完全出乎他的意料。此时郑军分散屯垦，驻守海湾的只有几百人，而且士卒饥饿羸弱，战斗力低下。正在绝望之时，海上刮起了台风，荷兰舰队被迫退入澎湖避风。郑成功趁机调集军队增援，三周后台风消退，荷兰舰队再次来到时，郑军已严阵以待。
荷兰舰队的舷侧装备了大量火炮，当它们全部展开时，火力极其凶猛。可是台风带来的大量泥沙使海湾入口水深变浅，荷兰舰队无法展开队形，只能排成纵列，仅第一艘舰可以发扬火力。结果在海战中郑军占据了火力优势，荷兰舰队遭到重创，旗舰也被击沉，上苍又一次保佑了郑成功。荷兰援军的失败使热兰遮城中的葵一彻底绝望了，不得不出城投降。
郑成功经过惊心动魄的鏖战击败荷兰人后，已是身心俱疲，可是坏消息又接二连三的传来了。
1661年10月，清廷见招降郑成功已无可能，绝望之下便把囚禁中的郑成功父亲郑芝龙和郑成功弟弟、侄儿全家十一口满门抄斩。郑成功听闻讯后悲痛欲绝，他“顿足擗踊，望北恸哭：‘若听儿言，何至杀身!’”
不久郑成功又闻噩耗，叛将黄梧挖了郑氏祖坟，暴塚毁尸。郑成功更是捶胸顿足，势如疯虎。他咬牙切齿地咒骂道：“生者有怨，死者何仇?倘一日治兵而西，吾不寸磔汝尸，枉作人间大丈夫!”
1662年4月，南明兵部官员林英化妆成和尚，从云南逃到台湾见郑成功，告诉他永历帝逃到缅甸被吴三桂抓住杀害了。”郑成功听罢，更是痛哭不已，这也意味着他的复国事业前景愈发暗淡了。
血战之余已经心力交瘁的郑成功在这一系列不幸事件的打击下，精神已经濒临崩溃了，可是更大的打击又接踵而至。
留守厦门的世子郑经向父亲报告，说自己和侍妾生了个儿子。郑成功得到到这个消息，十分高兴，孙子的降生为处于万分痛苦之中的他带来了几份难得的慰籍，他觉得这是上天赐予的礼物。于是郑成功赏赐了身在厦门的妻儿和新生的孙儿及其生母陈氏，在台将士和金夏守将也都有赏赐，全军上下沉浸在一片喜庆气氛中。
然而，郑成功接到了亲家、南明兵部尚书唐显悦的来信，信中指责道：“三父八母，乳母亦居其一。令郎狎而生子，不闻饬责，反加赍赏，此治家不正，安能治国乎?”
原来新生儿并非郑经小妾所生，而是郑经与其幼弟乳母通奸所生。唐显悦女儿嫁到郑家后，备受丈夫和婆母冷落，唐显悦心中很是不快。这次女婿通奸得子，没受责罚，还大行赏赐，他就更加愤怒了，所以才出言指责。
郑成功看信后，顿时胸气郁结。郑成功虽然出生在日本，但回国后就投在大儒钱谦益门下接受正统儒家思想教育，深受忠孝节义、天理人伦理念的浸染。可悲的是后来钱谦益自己却没能守住臣节，被他的外甥金圣叹讥笑为“一个文官小花脸，三朝元老大奸臣”，可是郑成功却把儒家伦理作为终生行为准则，并以此严格治军和治家。黄显悦的指责令他羞愤难当，乳母属“三父八母”之一，与郑经在辈分上属于母子，他无法容忍这种乱伦丑行，立刻差人持令箭与堂兄郑泰同到厦门斩杀郑经与其所生婴儿、乳母陈氏，并以治家不严罪斩其正妻董酉姑。
金厦留守官员接到命令，得知竟要诛杀主母和世子，大惊失色。他们一致认为这是乱命，因此拒不从命。为了解决问题，郑泰提议将乳母和新生儿处死，然后百众人联名为董夫人与郑经求情，希望郑成功息怒并收回成命。
不料郑泰的做法反而火上浇油，郑成功一向为人刚硬，执法严厉。在他治下，男女通奸依法都要处死。金厦诸将消极抗命，进一步激怒了他。郑成功严令必须行刑，还解下佩剑交给使者去金夏监督执行。
金厦诸将眼见郑成功如此决绝，不禁惊骇万分。而此时台湾又传来流言，说如果留守诸将再次拒命不遵，将全部处斩。郑成功向来军法森严，令出必行，他的亲叔父郑芝莞就因怯战，被郑成功以失机论罪问斩。所以众将相信流言是真的，惊惧之下，他们把郑成功的使者拘禁起来，推举郑泰以族兄名义另树旗帜。他们致信郑成功，表示今后仍愿为台湾提供粮饷，但不再接受调遣。
郑成功得报后，愤恨欲狂，就此患病。然而众叛亲离的他愤怒之余仍希望金夏方面能服从命令。1662年五月初一，他带病登上将台，眺望澎湖方向是否有船只归来，却连续八天杳无音信，他终于支持不住了，狂呼：“忠孝两亏，有何面目见先帝于地下也!” 然后用两手抓面，咬尽手指而逝。
郑成功在经历艰苦漫长的收复台湾战役后，健康已经受到极大消耗，未等平复，又连遭不幸事件重击，这是任谁也无法承受的，他因此得疾也在情理之中。李腾岳在《郑成功死因考》中认为郑成功性情至刚，暴躁易怒，不善自我排遣，因此一下子病倒了。《台湾通志》也认为郑成功是死于感冒风寒，也有人说郑成功死于肺结核病，还有观点说是恶性疟疾、流感，等等。
但是郑成功去世前一段时间怪异的表现和郑氏集团内部波诡云谲的形势，使有些人觉得他不是正常死亡而是被谋杀的。
立主康熙收复台湾的大臣李光地，与郑成功所处时代很近，并且非常了解郑氏集团在台湾的活动。这位“榕村老人”在其所著的《榕村语录续集》中谈到：“马信荐一医生以为中暑，投以凉剂，是晚而殂。”马信是郑成功的部将，是从清军投降过来的，郑成功服了他所推荐医生的药当晚就死了，这事本就令人生疑。而且《榕村语录续集》还说马信在郑成功死后第二天也死了，江日升《台湾外纪》中也说其死期距郑成功去世仅仅5天。因此马信很可能参与了谋害郑成功的活动后被人灭口了。
郑成功坚决抗清的态度和以严刑峻法管理家族的做法，使他面临的处境十分险恶，清朝和郑氏集团内部都有谋害他的动机。
据《台湾外志》记载，清朝曾用重金买通郑成功的厨师，让他乘郑成功与部宴饮时用孔雀胆毒死郑成功和他的将领。但这个厨师始终不敢下手，就让他弟弟下药。他弟弟也很害怕，“每欲下药，则浑身寒战”。后来他父亲知道了。其父“闻言大惊”，说:“谋害主人，是不忠；答应了别人而不去做，是没有诚信。宁可没有诚信，也不能不忠心。诛灭九族的事情怎么能做呢？赶紧去自首也许还可能免罪。”于是带他们到郑成功住处自首。郑成功非但没有处罚他们，而且还对他们施以重赏，十分自信地说道:“我是上天生的，怎么能被凡人毒害？话虽如此，郑成功还是加强了警卫。使敌人“欲施毒，奈何不得其近身也”。但是再严密的防护也难免疏漏，他被清朝下毒的可能性始终存在。
郑成功与族兄郑泰、郑鸣骏、郑袭等人关系紧张。郑成功治军严苛无情，他部下的许多将领，甚至包括叔叔在内的长辈都因过失被处以极刑。众将人心惶惶，很多人在清廷高官厚禄诱惑下叛逃，其中就有挖了郑祖坟的黄梧和他的一个叔叔。郑泰与郑成功一直有矛盾，当郑成功攻台时，郑泰为运粮官，郑 军面临补给困难后，郑成功认为郑泰有意掣肘，他在座前写下了五个大字:“户失先定罪！”就是如果作战失利，首先要定郑泰的罪。郑成功去世后，郑泰等人伪造郑成功遗命企图夺权，最后被郑经所杀，郑鸣骏等率众降清。据此分析，谋害郑成功的也可能就是郑泰等人。
郑成功后来对此有所觉察，因而摔了药碗拒绝服药。夏琳的《闽海纪闻》中说，郑成功临终前将药投之于地，然后“顿足扶膺，大呼而殂”。
林时对在《荷锸丛谈》里则称郑成功死前突然发病，死的时候脸颊都被手指抓破了。有人认为，郑成功死之前竭力呼号、发狂般用手指抓破脸就是他中毒之后发作的表现。
还有一些人，包括外国学者乔治·菲力浦认为郑成功得了“疯狂病”。因为他去世前的乖戾表现实在悖于常理，要把世子和孙子甚至发妻全部斩杀的疯狂行为已经不能用执法严格来解释了。历史上的君王，只有不是儿子主动谋反，一般是不会下杀手的。伊凡雷帝是个狂暴性精神病患者，即使暴戾如他，在失手打死儿子后也是深为痛苦；性格强悍的清朝道光帝，因为太子读书懈怠被他一脚踢死，事后痛悔万分，他们都只是盛怒之下的失手，并没有故意要杀儿子。可郑成功执意要把妻子儿孙这样的至亲全部处死，的确可以认为他在精神重压下已经疯了。《荷闸丛谈》也说他临终前:“骤发颠狂，咬尽手指死”
郑成功攻下台湾后，由于听说菲律宾的西班牙殖民者排挤和屠杀华人，因此对西班牙人发出警告。1662年四月，郑成功遣使天主教意大利籍神父李科罗到菲律宾向西班牙总督递交国书，谴责其杀戮掠夺华侨的罪行，严令其改邪归正。但西班牙人担心华人与郑成功联合，反而因此在马尼拉展开对华人的大屠杀。
郑成功闻讯大怒，决定征讨菲律宾的西班牙人。他一面抚恤安置从菲律宾逃到台湾的华侨，一方面加紧整筹备军事行动，还积极派人与菲律宾华侨联络，准备里应外合。以郑军在与荷兰作战时所展现的战斗力，击败战力不如荷兰的西班牙人是完全可能的，如果攻下了菲律宾，那么我国就又多了一个“自古以来”，遗憾的是郑成功却壮志未酬身先死，留下了永远的遗憾。
郑成功从1641年4月出发攻台到次年去世的一年多时间里，先经历了战场上的惊涛骇浪，几度陷于绝境又几度逆转，然后又遭遇父兄被杀、祖坟被毁、君父遇害、世子乱伦、家族内讧等一系列打击，实在是血肉之躯所不能承受的，无论身体患病，还是精神崩溃都在情理之中，被敌人毒害也是完全可能的，但不管怎样，他驱逐红夷收复台湾，立下万世不拔的功业，永远被后人敬仰。