安装clusterProfiler拟南芥注释包

由于 xuzhougeng 最近更新了clusterProfiler中的拟南芥注释信息，这个包又确实好用，所以想办法安装，期间遇到了很多问题，现在也算是顺利安装上了，记录一下。

• 根据Xu在Github上的代码安装说明，首先在Windows上安装了Git，很简单，官网直接下载安装即可，参考廖雪峰的官方网站
• 打开Git bash，运行命令行

cd D:/
git clone https://github.com/xuzhougeng/org.At.tair.db.git
cd org.At.tair.db

• 根据安装说明，本应该是直接命令行安装

Rscript org.At.tair.db.R

但是，我的R有很多包没有安装，会出现报错，所以在R studio中打开org.At.tair.db.R 一步步先安装包，再运行脚本

• 安装所需的R包，安装环境R-3.4.3（用新更新的R-3.6.0安装报错，就换了这个旧版本）

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("RSQLite")
> biocLite("AnnotationForge")
> library(RSQLite)
Error: package or namespace load failed for ‘RSQLite’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
 不存在叫‘digest’这个名字的程辑包
In addition: Warning message:
程辑包‘RSQLite’是用R版本3.4.4 来建造的
> biocLite("digest")
> library(RSQLite)
> library(AnnotationForge)

• 遭遇了一些失败以后，终于安装了这两个包，可以依次运行Xu接下来的代码了，但是我之前安装的时候会遇到报错
  报错发生在这个命令之后：

> makeOrgPackage(go=go_df,
               pub_info = pub_df,
               symbol_info = symbol_df,
               function_info = func_df,
               version = "0.1",
               maintainer = "xuzhougeng ",
               author="xuzhogueng ",
               outputDir = file_path,
               tax_id = "3702",
               genus = "At",
               species = "tair10",
               goTable = "go"
  
)

运行最后报错提示

经高人指点，发现错误原因，将原本的代码：

func_df$SHORT_DESCRIPTION <- ifelse(nchar(func_df$SHORT_DESCRIPTION) == 0, 
                                    NA, func_df$SHORT_DESCRIPTION)

修改为：

func_df$SHORT_DESCRIPTION <- ifelse(nchar(func_df$SHORT_DESCRIPTION) == 0, 
                                    "NULL", func_df$SHORT_DESCRIPTION)

重新运行后，成功安装啦！！！

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PS：其实呢，用R-3.6.0的环境，也安装成功了，之前报错这样的，无法使用RSQLite连接到数据库：

makeOrgPackage()时报错

经过网上查看发现，可能是因为没有权限，所以重新以管理员身份运行Rstudio，顺利的也就安装好了！！！开心！！！