R语言绘图（ggplot2、ggpubr）从入门到精通03--箱式图和函数图像

本系列课程要求大家有一定的R语言基础，对于完全零基础的同学，建议去听一下师兄的《生信必备技巧之——R语言基础教程》。本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。

本次课程所用的配套书籍是：《R Graphic Cookbooks》

除了以上的基本图形外，师兄还会给大家讲解箱线图、提琴图、热图、火山图、气泡图、桑基图、PCA图等各种常用的生信图形的绘制，还不赶紧加入收藏夹，跟着师兄慢慢学起来吧！

第一章：快速探索数据

5. 箱式图：

   • 同样可以用plot来画：

     #使用plot（）函数，当x为因子变量（与数值变量对应时），默认绘制箱线图
     ToothGrowth <- ToothGrowth
     plot(ToothGrowth$supp,ToothGrowth$len)
     
     #使用公式语法
     boxplot(len ~ supp, data = ToothGrowth)
     
     #在x轴引入两变量的交互
     boxplot(len ~ supp + dose,data = ToothGrowth)
   

箱线图01.png

箱线图02.png

• 使用qplot

  #用qplot()绘制箱线图
  qplot(ToothGrowth$supp,ToothGrowth$len,geom = "boxplot")
  
  #使用三个独立的向量参数
  qplot(interaction(supp,dose),len,data = ToothGrowth,geom = "boxplot")

箱线图03.png

箱线图04.png

• 使用ggplot2

  #等价于
  ggplot(data = ToothGrowth,mapping = aes(x=supp,y=len)) + geom_boxplot()
  
  #等价于
  ggplot(data = ToothGrowth,mapping = aes(x=interaction(supp,dose),y=len)) + geom_boxplot()

箱线图05.png

箱线图06.png

6. 函数图像：

   • 使用curve（）函数绘制

    #使用curve（）函数绘制，传入一个关于变量x的表达式
    curve(x^3 - 5*x,from = -4,to = 4)
    
    #自定义函数图像
    my_fun <- function(xvar){
      1/(1 + exp(-xvar + 10))
    }
    
    curve(my_fun(x),from = 0, to = 20)
     
    # 原有基础上再加一条线；
    curve(1 - my_fun(x),add = TRUE,col = "red")
   

函数01.png

• 使用ggplot2

   #等价于
   ggplot(data.frame(x=c(0,20)),aes(x=x)) + stat_function(fun = my_fun,geom = "line")

函数02.png

往期文章

1. R语言绘图（ggplot2、ggpurb）从入门到精通01--课程介绍
2. R语言绘图（ggplot2、ggpurb）从入门到精通02--柱状图和直方图