TBtools | 全基因组特征标记可视化 - 太简单！

写在前面

全基因组层面可视化特征标记（如基因位点），从文字标签到图形标签。文字标签应该是三四年前实现的。图形标签，Emmm，事实上，这个功能已经实现了太久，以至于我自己只记得可以实现，而不记得如何使用。考虑到昨天推出这个功能后，不少朋友还是挺感兴趣，于是想了一下，那就干脆写一个教程贴。大体介绍下，这个功能到底咋用。

IOS 逻辑

前述我在推文和几场直播中，都已经提及 TBtools 的 IOS 逻辑。相信大家都不陌生。此处我们直接进入主题，看看具体可视化所需的文件及其格式：

以下逐个文件展开说明

染色体长度文件

顾名思义，记录了每条染色体的长度信息。只要有基因组序列文件，可以使用 TBtools 的 Fasta Stat 直接生成一个。如下

于是可以得到

特征标记的染色体位置

这个文件，得靠大家自己准备了。比如可以是某个基因家族的成员，或差异表达基因分布，更或者分支标记等信息。此处，我们使用 sRNAanno 数据库上 水稻 的 PHAS 注释信息，进行可视化。直接在
http://plantsrna.org/PHAS21list.jsp?species=Oryza_sativa 页面复制，保存到本地 txt 文件即可。对应的 24 nt PHAS的链接为 http://plantsrna.org/PHAS24list.jsp?species=Oryza_sativa

注意，在Excel里面做文本整理，记得另存为 制表符分隔 的文本文件。

特征标记的着色信息

TBtools 支持两类输入：

1. 标记ID\tR,G,B
2. 标记ID\tlog2Fc

很明显，前者的意思是，对标记ID进行颜色自定义，后者是一个偷懒过程。比如log2Fc是正数，那么就会显示为红色，是负数就会显示为绿色。对于 PHAS 位点，有不成文的着色方案。所以 21 PHAS 位点，我们全部给蓝色，而 24 PHAS 位点，我们全部给橙色，如下，

染色体热图信息文件

... 可以使用 TBtools 的 Gene Density Profile 功能，基于基因结构注释的GFF3/GTF文件直接生成，具体参考《生信札记》公众号往期推文《TBtools | 全基因组 - 基因密度统计，充实你的图片》。

准备就绪

进行可视化！

Emmm，我们必须承认，这是一个不错的开始。起码已经可视化出来的。只是.....

水稻的PHAS位点太多了，以至于图片太长，我们无法很好的展示。

使用图形标签

于是，我们只需要对 基因位置信息 文件增加一列即可。如下，
原来的文件信息，

我们对所有 PHAS21 位点信息增加一列 0，而对所有 PHAS24 位点信息增加一列 1。（当然，目前是支持四种性状，0,1,2,3，如果需要增加维度，建议和着色信息做组合）。得到

保存后用于可视化，于是得到

优化可视化参数

使用了图形标签之后，可以发现，多少还是有不少希望。我们可以进一步压缩邻近的位点，比如把距离不超过100kb的PHAS位点合并展示，于是可以得到

对其他参数做一些调整

不止于此

JIGplot 的重点不在于可视化，而在于可视化分析。图形的可交互性是一大特征。昨天的推文推出后，即有用户提及交互性问题。是的，我们合并了一些位点用于可视化，那么是不是也应该知道哪些位点被合并了？

写在最后

路漫漫其修远兮，吾将上下而求索~
差不多又要开始忙找工作的事情了。
前段时间找工作，联系上的人存在明显的两极分化：

1. 大部分人是看得上我的能力和为人，给了非常不错的机会以及建议，我仍然在选择...毕竟 12 月份才正式毕业
2. 少部分人是一种明显看不上我的角度，果断拉黑。

基于已有经验，一般人与人之间的关系是相互的，大体是两种：

1. 你看得上我，我也看得上你
2. 互相瞧不起

为了保持平衡，前者 Label，后者必须拉黑。