1.Assembly
1.1质体基因组
1.1.1NOVOPlasty
program language：Perl
Reference：
10.1093/nar/gkw955（Nucleic Acids Research ，2016）
10.1093/nargab/lqz011（NAR Genomics and Bioinformatics，2020）
Manual：https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty
Link：https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty
1.1.2GetOrganelle
program language：Python
Reference：10.1101/256479（bioRxiv ，2019）
Manual：https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle
Link：https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle
1.2核基因组
1.2.1Velvet
program language：C
Algorithm：De Bruijn graph（DBG）
Reference：
10.1101/gr.074492.107（Genome Research ，2008）
10.1371/journal.pone.0008407（Plos One，2009）
Manual：
https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_poster.pdf
https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/Manual.pdf
https://github.com/dzerbino/velvet/blob/master/Manual.pdf
Link：
https://github.com/dzerbino/velvet
https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/
1.2.2HGAP
Reference：10.1038/nmeth.2474（Nature Methods ，2013）
Manual：
https://github.com/PacificBiosciences/Bioinformatics-Training/wiki/HGAP-1.4
https://github.com/PacificBiosciences/Bioinformatics-Training/wiki/HGAP
Link：https://github.com/PacificBiosciences/Bioinformatics-Training/wiki/HGAP-1.4
1.2.3Falcon
program language：Python
Reference：10.1038/nmeth.4035（Nature Methods，2016）
Manual：https://github.com/PacificBiosciences/FALCON/wiki/Manual
Link：https://github.com/PacificBiosciences/FALCON
1.2.4Miniasm
program language：C
Reference：10.1093/bioinformatics/btw152（Bioinformatics，2016）
Manual：https://github.com/lh3/miniasm/blob/master/README.md
Link：https://github.com/lh3/miniasm/
1.2.5CANU
program language：C++
Reference：10.1101/gr.215087.116（Genome Research，2017）
Manual：https://github.com/marbl/canu/blob/master/documentation/source/tutorial.rst
Link：https://github.com/marbl/canu
1.2.6Hinge
program language：C++
Reference：10.1101/gr.216465.116（Genome Research，2017）
Manual：https://github.com/HingeAssembler/HINGE
Link：https://github.com/HingeAssembler/HINGE
1.2.7racon
program language：C++
Reference：10.1101/gr.214270.116（Genome Research，2017）
Manual：https://github.com/isovic/racon
Link：https://github.com/isovic/racon
1.2.8MECAT
program language：C++
Reference： 10.1038/nmeth.4432（Nature Maethods，2017）
Manual：https://github.com/xiaochuanle/MECAT
Link：https://github.com/xiaochuanle/MECAT
1.2.9SMARTdenovo
program language：C
Reference：no publication informations
Manual：https://yiweiniu.github.io/blog/2018/04/Genome-Assembly-Pipeline-SMARTdenovo/
Link：https://github.com/ruanjue/smartdenovo
1.2.10SOAPdenovo2
program language：C
Reference：no publication informations
Manual：https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2
Link：https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2
1.2.11wtdbg2-MPI
program language：C
Reference：
10.1101/530972（bioRxiv，2019）
10.1038/s41592-019-0669-3（Nature Methods，2019）
Manual：https://github.com/ruanjue/wtdbg2/blob/master/README-ori.md
Link：https://github.com/qzwlecr/wtdbg2-MPI
2.Annotation
2.1质体基因组
2.1.1GeSeq
Reference： 10.1093/nar/gkx391（Nucleic Acids Research，2017）
Manual：
https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/gs_documentation.html
http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1192085.html
Link：https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html
2.1.2PGA（Plastid Genome Annotator）
program language：Perl
Reference： 10.1186/s13007-019-0435-7（Plant Methods，2019）
Manual：
https://github.com/quxiaojian/PGA
https://www.jianshu.com/p/6ac8a9fad9c9
http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1198528.html
Link：https://github.com/quxiaojian/PGA
2.2核基因组
2.2.1RepeatMasker(for repeat sequence)
program language：Perl
Reference：Smit, AFA, Hubley, R & Green, P. RepeatMasker Open-4.0.2013-2015
Manual：http://www.repeatmasker.org/webrepeatmaskerhelp.html
Link：http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
2.2.2BRAKER(for gene structure)
program language：Perl
Reference：
10.1186/1471-2105-7-62(BMC Bioinformatics，2006)
10.1093/bioinformatics/btn013(Bioinformatics，2008)
10.1093/bioinformatics/btv661(Bioinformatics，2016)
10.1007/978-1-4939-9173-0_5，1962:65-95(Methods in Molecular Biology，2019)
Manual：https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER
Link：https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER
2.2.3Maker (for gene structure)
Reference：10.1101/gr.6743907(Genome Research，2008)
Manual：
https://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Main_Page
http://gmod.org/wiki/MAKER_Tutorial
Link：http://www.yandell-lab.org/software/maker.html
2.2.4MAKER-P (for gene structure)
Reference：no pubilished info
Manual：https://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Main_Page
Link：http://www.yandell-lab.org/software/maker-p.html
2.2.5eggNOG-mapper(for gene function)
program language：Python
Reference：
10.1093/molbev/msx148（Molecular Biology and Evolution，2017）
10.1093/nar/gky1085（Nucleic Acids Research，2019）
Manual：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2
Link：
http://eggnog-mapper.embl.de/
https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper
3.Correction
3.1pilon
program language：Scala
Reference：10.1371/journal.pone.0112963（PLoS ONE，2014）
Manual：https://github.com/broadinstitute/pilon/wiki/Methods-of-Operation
Link：https://github.com/broadinstitute/pilon
3.2redundans
program language：Perl
Reference：10.1093/nar/gkw294（Nucleic Acids Research，2016）
Manual：
https://github.com/lpryszcz/redundans/blob/master/docs/poster.pdf
https://github.com/lpryszcz/redundans
Link：https://github.com/lpryszcz/redundans
3.3TGS-GapCloser
program language：C++
Reference：10.1101/831248（bioRxiv，2019）
Manual：https://github.com/BGI-Qingdao/TGS-GapCloser
Link：https://github.com/BGI-Qingdao/TGS-GapCloser
4.Evaluation
BUSCO
Reference：10.1007/978-1-4939-9173-0_14（Methods in Molecular Biology，2019）
Manual：https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html
Link：https://github.com/c-omics/busco