tabix 操作VCF文件

tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引，从而加快访问速度，不仅支持VCF文件，还支持BED, GFF，SAM等格式。

安装

https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/

##安装
wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/tabix-0.2.6.tar.bz2
tar xjvf tabix-0.2.6.tar.bz2
cd tabix-0.2.6/
make

bgzip压缩

# 由于snp数量多，所以vcf文件也非常大，常见做法用bgzip进行压缩
bgzip  -f view.vcf
## 如果想要解压缩，有以下两种用法
bgzip -d view.vcf.gz
gunzip view.vcf.gz

需要注意的是，两种算法虽然有相似之处，但是还是有本质区别的，在对VCF文件压缩时，不可以使用gzip来代替bgzip。

tabix 建立索引

## 对于大型的VCF文件而言，如何快速访问其中的记录也是个难点。tabix可以对VCF文件构建索引，索引构建好之后，访问速度会快很多。tabix对VCF文件建立索引的用法如下
tabix -p vcf view.vcf.gz

注意输入的VCF文件必须是使用bgzip压缩之后的VCF文件，生成的索引文件为view.vcf.gz.tbi, 后缀为.tbi。

例子

## 获取位于11号染色体的SNP位点
tabix view.vcf.gz 11

## 获取位于11号染色体上突变位置大于或者等于2343545的SNP位点
tabix view.vcf.gz 11:2343545

## 获取位于11号染色体上突变位置介于2343540到2343596的SNP位点
tabix view.vcf.gz 11:2343540-2343596

参考

• tabix操作VCF文件