注释文件下载流程
进入Gencode网站（http://www.gencodegenes.org/），data>>human>>GRCh37-mapped releases>>GENCODE release 26>>Comprehensive genome annotation/ GTF, GFF3
右键获取下载链接，使用wget命令进行下载：
cdncbi/hg19#切换到hg19目录下wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_26/GRCh37_mapping/gencode.v26lift37.annotation.gtf.gz# 下载GTF文件wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_26/GRCh37_mapping/gencode.v26lift37.annotation.gff3.gz# 下载GFF3文件
文件下载完成后，使用gzip命令解压文件，同时删除压缩文件，
gzip -d gencode.v26lift37.annotation.gtf.gz# 解压GTF文件gzip -d gencode.v26lift37.annotation.gff3.gz# 解压GFF3文件
使用ls命令查看当前目录下得文件，
gencode.v26lift37.annotation.gff3
gencode.v26lift37.annotation.gtf
hg19.fa (之前下载并合并的参考基因组文件)
注释文件导入IGV流程
IGV下载地址：http://software.broadinstitute.org/software/igv/download
加载hg19.fa，点击Genome/load genome from files/hg19.fa
加载gencode.v26lift37.annotation.gtf与gencode.v26lift37.annotation.gff3，这两个文件不能直接加载，需要index文件，创建index文件流程如下：
点击Tools/run igvtools/command选择sort，Input File选择GTF/GFF3文件，点击run，运行完成后会产生两个文件：gencode.v26lift37.annotation.sorted.gtf
gencode.v26lift37.annotation.sorted.gff3
点击Tools/run igvtools/command选择index，Input File选择 .sorted.gtf/ .sorted.gff3文件，点击run，运行完成后会产生另外两个文件：gencode.v26lift37.annotation.sorted.gtf.idx
gencode.v26lift37.annotation.sorted.gff3.idx
点击Genome/load genome from files/gencode.v26lift37.annotation.sorted.gtf.idx
点击Genome/load genome from files/gencode.v26lift37.annotation.sorted.gff3.idx
加载完成。
作者：括囊无誉
链接：https://www.jianshu.com/p/348eca15fb03
來源：
著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者获得授权并注明出处。