2021-12-04 肿瘤新抗原

定义

如何获取Cbioportal中的拷贝数变异就是新抗原

新抗原的来源：

肿瘤新抗原，英文单词“tumor neoantigen”，是一类肿瘤细胞特有的“抗原”，其主要来源是肿瘤细胞基因组的点突变（约占95%）、基因插入敲除以及移码和结构突变（后两者约占5%）。该类抗原的最大特点是肿瘤细胞特有表达，且其它正常细胞不表达，因此也被称为肿瘤特异性抗原。肿瘤新抗原也可以分为通用型新抗原和个体化新抗原，通用型新抗原可以在不同个体或者瘤种之间都有表达，而个体化新抗原则是特异的表达在某一患者体内。

患者肿瘤组织中基因突变的总数越多（也就是TMB越高），那么他所携带的neoantigen也越多

并且在他们的身体里检测到了针对neoantigen的特异性免疫细胞。

为了识别肿瘤特异性的体细胞突变，从患者身上采集肿瘤活检样本和非肿瘤组织样本（通常是外周血单个核细胞），以进行肿瘤和种系DNA的全外显子序列测定。另外，RNA测序提供了关于突变基因表达和进一步确认突变的有效信息。根据肿瘤类型，通常可以识别出大量肿瘤特异性突变；然而，并非所有突变都会导致新表位被免疫系统识别的，这是由于HLA的限制。已知HLA-A、HLA-B、HLA-C等位基因共有16000多个，因此，在预测潜在的免疫原表位的时候，需要考虑HLA分型。

用计算方法预测MHC-I结合表位，与HLA有较强亲和力（IC50<150 nmol/l）的肽被认为更有可能诱导CD8+T细胞应答。目前，各种预测MHC-I递呈表位的各种计算方法已被开发，包括利用质谱进一步改进预测算法。然而，迄今为止，表位预测方法主要集中在MHC-I结合表位上，MHC-II更具弹性的结合表位使其表位预测更加复杂。