水稻GO和KEGG分析

首先，一般我们分析水稻的数据时候，选用的是MSU和RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件，这里只介绍MSU的ID，RAPDB的同理。

水稻GO分析的网站很多（这里不涉及R包，只说一些典型的在线的）

1 AGRIGO2 http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/ 支持多种ID，包括MSU

2 RIGW http://rice.hzau.edu.cn/cgi-bin/rice2/enrichment 只支持水稻的转录本ID，可做KEGG，个人觉得结果还可以

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3 PlantGSEA http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA/analysis.php 只支持MSU ID

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4 PANTHER http://www.pantherdb.org/ 可视化比较漂亮的，也是本文所涉及的

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5 CARMO：http://bioinfo.sibs.ac.cn/carmo/result.php?job_id=1625924324108758969

只更新到 2015年，支持 LOC ID

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• 1、我们通过差异分析，得到一串像这样的基因

  
  
  i

但是PATHER支持的ID为

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所以我们需要将MSU ID转换为 Uniprot ID，这里介绍一个在线网站PlantGSEA

niprot

转换完成后，为以下这样的结果，在EXCEL中将Uniprot ID复制出来即可

n

-2 进入正片，将Uniprot ID粘贴到PANTHER中

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-3 出图, 五个参数对应的功能如字面意思，包括GO分析，蛋白功能注释，Pathway分析

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我特别喜欢的一个小功能，就是可以将你感兴趣的那个通路，“露出尖尖角”

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-4 当然我们要选择显著性分析

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显著性分析结果

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最后总之这里还有许多方式去得到不同的结果，以及不同的图，这是一个富集分析很强的一个网站。