跟着Nature学作图：R语言ggplot2画误差线展示广义线型模型的比值比（odds ratio）

论文是

Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population

数据和代码的github主页链接

https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP

这个也是数据代码的下载链接，可以看目录结构

https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic

今天的推文重复一下论文中的 figureS3c 误差线图

image.png

部分示例数据集如下

image.png

读取数据集

disease_enterotype<-readr::read_csv("newdataset/FigureS3c.csv")

根据P值的大小给数据集增加一列表示分组

disease_enterotype$Sig=NA
disease_enterotype$Sig[disease_enterotype$Pvalue<0.5]="Significant"
disease_enterotype$Sig[disease_enterotype$Pvalue>=0.5]="Non-Significant"

这里的p值我选择0.5是因为论文中的数据是模拟数据，没啥实际意义。自己真实的数据集需要酌情考虑

根据Odds ratio的大小排序

disease_enterotype=disease_enterotype[order(disease_enterotype$OR),]

删除带有缺失值的行

disease_enterotype=na.omit(disease_enterotype)

赋予因子水平

disease_enterotype$Disease=factor(disease_enterotype$Disease,levels = disease_enterotype$Disease)

作图代码

library(ggplot2)
g <- ggplot(disease_enterotype, aes(x = OR, y = Disease,color=Sig)) + 
  geom_vline(aes(xintercept = 1), size = .25, linetype = "dashed") + 
  geom_errorbarh(aes(xmax = `CI_up`, xmin = `CI_low`), size = .3, 
                 height = 0.2) +
  geom_point(size = 3.5,shape=7) +
  theme_bw()+ theme(panel.grid.minor = element_blank()) +
  ylab("") + xlab("Odds ratio")+scale_color_lancet()
print(g)

image.png

论文中的图x轴还有一些注释信息，可以出图后借助其他软件编辑，如果先用代码实现的话可以借助annotate_custom()函数，上一篇推文由关于这个函数的介绍，可以找来参考

论文中figureS3的布局，上面已经有两个图，下面这个图可能改成水平方向的会美观一点

g+coord_flip()+
  theme(legend.position = "top",
        axis.text.x = element_text(angle=90,
                                   hjust=1,vjust=0.5))

image.png

示例数据和代码可以在公众号后台回复 20220525 获取

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