linux 查看samtools版本,samtools 1.9

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安装tar -jxf samtools-1.9.tar.bz2cd samtools-1.9/makeecho 'export PATH=/home/li.han/Softwares/samtools-1.9:$PATH' >> ~/.bashrc

用法

faidx

功能：提取fasta的长度信息

用法：samtools asidx [[...]]#生成一个名为ref.fa.fai的长度信息文件samtools faidx ref.fa

view

功能：将sam文件转换成bam文件；

对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；

将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。

bam文件优点：bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。

用法：samtools view [options] || [region ...]

参数：

-b输出BAM格式的文件

-f int获得mapped过滤设置，0为未设置

-F int获得unmapped过滤设置，0为未设置。

数字4代表该序列没有比对到参考序列上

数字8代表该序列的mate序列没有比对到参考序列上

-h默认输出的 sam 格式文件不带 header，该参数设定输出sam文件时带 header 信息

-H只打印header部分(no alignments)

-o FILE设置