用ClustalW进行多序列比对，IQ-tree构建进化树

一、ClustalW进行多序列比对

ClustalW是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反映序列之间两两关系。然后根据距离矩阵计算产生的系统进化树，对关系密切的序列进行加权。然后从最密切的两条序列开始，逐步引入邻近的序列并不断重新构建对比，直到所以序列都被加入。参考https://www.jianshu.com/p/5a23263a92a3

Windows系统直接跳到本节最后黑体部分。

顺便提一下，通常进行蛋白序列比对的时候选择ClustalW，而DNA序列比对的时候则选择Muscle

1. linux系统下安装ClustalW
   由于我的系统之前就是安装好了的，所以只需参照一下网址https://blog.csdn.net/bbka_717/article/details/7967778
2. 进行多序列比对
   clustalw这个软件会一步一步给出选项，该处我们

clustalw
#选择多序列比对
1. your choice: 1
2. Enter the name of the sequence file: some_genes.fa
3. your choice: 2 #选择多序列比对
4. your choice: 1 # 选择做一个完整的多序列比对
5. enter a name for CLUSTAL file [some_genes.fa]: some_gnes.aln

好了按照以上步骤选择，clustalw就开始进行多序列比对了，我是200多条序列大约需要50min，完成后会生成一个aln文件，作为多序列比对的结果

6. enter name for new GUIDE TREE # 输入生成GUIDE TREE的文件名。
7) contiune?   :y 
随后会生成.dhd格式文件，该文件用于画进化树。  

---也可以在Windows上做，用MEGAX做，所以我用MEGA X做得CLUSTALW，下载地址https://www.megasoftware.net/
安装比较方便，跟着安装步骤点击下一步即可；
然后选择CLUSTALW默认设置进行多序列比对

二、IQ-TREE画进化树

由于Windows安装和操作也比较方便，所以我选择用Windows做，主要参考https://mp.weixin.qq.com/s__biz=MzIxODU1MDI1OQ==&mid=2247483681&idx=1&sn=9ec7fcd8867ff6820b980261c2f7fef2&scene=0#wechat_redirect

tips：建树根据序列差异：
序列差异不大--选择NJ法建树
序列差异大--选择ML法或贝叶斯建树

IQ-Tree主要是以ML法进行建树，以下是在Windows命令行中IQ-tree的使用：

win + R
cmd
F:
# cd到IQ-TREE文件的bin文件夹，cd是命令行命令，change directory的缩写，意为改变目录，通过命令行进入到IQ-TREE安装目录下的bin文件夹
iqtree2.exe -s ..\example.phy
.\iqtree2.exe -s .\example.phy -alrt 1000 -bb 1000 -nt AUTO
# -alrt 1000 bootstrap，代表进行1000次超快自展
# --bb 另一种bootstrap
# -nt AUTO 代表自动选择最适合的线程数

输出四个文件

image.png

然后用Figtree打开.treefile文件
调整好树的颜色字体等，然后输出

image.png

image.png

在UltraEdit或者notepad上，用正则去掉不要的部分，从树的形状来决定去掉部分
然后将‘:’改成‘\n’
其它的一步一步删掉

image.png

最后再根据基因ID去获得序列再建树