MultiQC软件安装及其运行过程

• 这个实验做了两个下午，失败了n多次，卡在一个地方不动所以重启好多次，好多过程没有截屏就打字略过了。

1.conda install -c bioconda multiqc，输入此命令直接安装时，会出现source environment./然后就卡在这里，等半个多小时也没有反应。

2. 在搜索了conda相关安装使用说明，参照这篇文章https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d

• 删除了原先安装包rm -rf anaconda3，
• 重新安装sh Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
• 在询问是否将conda加入环境变量的时候选择no（此步参考的是链接文章，我自己操作的时候重启了几次没有截屏）
• 启动conda

1 cd anaconda3
2 ls
3 cd bin
4 ls
5 chmod +x activate
6 source ./activate

• 添加频道

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes

• vim
  vim ~/.condarc保证内容是以下的即可

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
show_channel_urls: true

3. 再一次conda install -c bioconda multiqc终于成功了！
   

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4. 之前上课已经安装了SRAtoolkit，参照老师的文章https://www.jianshu.com/p/c29ae5fe6f99

5. 用multiqc对fastq文件进行数据质量评价，我直接用了老师给的两个测试文件。（正常情况需要从NCBI的SRA库中找SRR序列，prefetch 序列名称，然后fastq-dump --split-files 序列名称即可得到所需的fastq文件 参考的也是老师的文章https://www.jianshu.com/p/eeaa78f6c6c4）

fastqc test_7942raw_1.fq.gz
fastqc test_7942raw_2.fq.gz

得到下图几个文件

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我新建了一个文件夹，将它们统一放在了一起，然后cd进入这个文件夹，利用multiqc .得到multiqc_data和multiqc_report.html 两个文件，将multiqc_report.html下载到桌面打开

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• 打开网页是以下结果
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• 结果分析参考了这篇文章https://www.jianshu.com/p/d06b0e3d6a78，就不一一复制粘贴了，只把数据结果图片贴了上来。
  
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