obsidian和zotero联动

前言

看了好多obsidian和zotero联动的视频和教程，终于还是下手了。

obsidian和zotero之所有能够完美联动，很大程度上建立在这两个软件都有这活跃的第三方插件市场，只要肯花功夫挖掘，我相信是能玩出花来的。

网上的多数联动是基于Better BibTex（zotero）、Zotero Obsidian Citations（zotero）和BibNotes Formatter（obsidian）这三个插件的，但是在将笔记导入obsidian后，如果zotero有数据的更新，则需要重新将笔记导入到obsidian中，而本文将通过Bibnotes Formatter（obsidian）、zotero-better-bibtex（zotero）和MarkDBConnect（zotero）这三款插件实现obsidian和zotero的同步更新，梦幻联动（妈妈再也不用担心我的学习了）。

一、安装zotero-better-bibtex插件

1. 下载插件
   在官网下载最新的.xpi文件
   
2. 安装插件
   打开zotero，工具——>插件——>点击弹窗的右上角——>选择install add-on from file——>选择刚才下载的.xpi文件——>点击打开
   
3. 配置插件
   打开zotero的编辑——>首选项，进行zotero-better-bibtex的配置

• Citation keys
  Citation keys用于后面obsidian生成笔记的命名，可以根据自己的喜好酌情修改，这里我将citeKey设置成了auth.lower + '-' + year + '-' + shorttitle(3,3)
• Export
  设置哪些字段不导出

二、安装Bibnotes Formatter插件

1. 下载插件
   在官方地址下载zip文件(很奇怪，这个插件在社区插件市场中居然没有，这是我没有想到的)
   
2. 安装插件
   将解压后文件夹复制到Ob仓库/.obsidian/plugins中（.obsidian是隐藏文件夹），重启obsidian即可。
   
3. 配置插件
   在第三方插件页面激活安装的Bibnotes Formatter插件
   

• 从zotero中导出.json文件

打开zotero，点击文件——>导出文献库（整个zotero文献库）
选择导出格式为”BetterBibTeX JSON“
选择”导出笔记“和”Keep updated“（导出文件会使JSON文件很大，因此不勾选，为在添加/删除/修改条目后自动更新导出的库，需要勾选”Keep updated“）

将json文件放在obsidian中创建zotero笔记文件夹下（没有多大，所以不用担心内存问题），在Better BibTeX的设置中可以查看和更改json的路径

• 将json文件的路径写入Bibnotes Formatter中

第一个是json文件路劲，第二个是笔记保存路径（注意：都是相对路径）

• 自定义笔记模板

注意：要将下图中的{{citeKey}}改为@{{citeKey}}，否则后面MarkDBConner会找不到md文件

# {{title}}

## Metadata
- **CiteKey**: {{citekey}}
 - **Type**: {{itemType}}
 - **Title**: {{title}}, 
 - **Author**: {{author}}, 
 - **Year**: {{year}} ;
- **Journal**: {{publicationTitle}}, 
- **Pages**: {{pages}}
- **Publisher**: {{publisher}},
- **Location**: {{place}},
- **DOI**: {{DOI}}
------


## Files and Links
- **Url**: [Open online]({{url}})
- **zotero entry**: {{localLibrary}}
- **open pdf**: {{file}}

- **Keywords**: {{keywordsAll}}

## Abstract
{{abstractNote}}

----

## Comments
{{UserNotes}}


----

## Extracted Annotations
{{PDFNotes}}
****



## Summary

  
## Research Objective(s)


## Background / Problem Statement


## Method(s)


## Evaluation


## Conclusion


## Notes

Bibnotes Formatter插件默认使用电脑自带的PDF阅读器打开PDF文件，因此需要对插件做一定的修改。打开插件文件中的main.js文件，找到其中的createLocalFileLink()函数，用下面的代码替换

function createLocalFileLink(reference2) {
  if (reference2.attachments.length == 0)
    return "{{localFile}}";
  const filesList = [];
  for (let attachmentindex = 0; attachmentindex < reference2.attachments.length; attachmentindex++) {
    if (reference2.attachments[attachmentindex].itemType !== "attachment")
      continue;
    // if (reference2.attachments[attachmentindex].path == void 0) {
    //   reference2.attachments[attachmentindex].path = "";
    // }
    // const attachmentPathCorrected = reference2.attachments[attachmentindex].path.replaceAll(" ", "%20");
    // const selectedfile = "[" + reference2.attachments[attachmentindex].title + "](file://" + attachmentPathCorrected + ")";
    if (reference2.attachments[attachmentindex].uri == void 0) {
      reference2.attachments[attachmentindex].uri = "";
    }
    const selectedfileUri = reference2.attachments[attachmentindex].uri
    const attachmentKey = selectedfileUri.split('/')[selectedfileUri.split('/').length - 1]
    selectedfile = "[" + reference2.attachments[attachmentindex].title + "](zotero://select/library/items/" + attachmentKey + ")";
    if (reference2.attachments[attachmentindex].title.endsWith('pdf')) {
      selectedfile = selectedfile.replaceAll("zotero://select/","zotero://open-pdf/");
    }
    filesList.push(selectedfile);
  }
  const filesListString = filesList.join("; ");
  return filesListString;
}

替换效果如下：

三、安装MarkDBConnect插件

1. 下载插件
   在官网下载.xpi文件
   

2. 安装插件
   与zotero-better-bibtex插件的安装方法一样，这里不再赘述。

3. 配置插件
   打开zotero，点击工具——>MarkDBConnect Preferences，进入配置页面，填写Bibnotes Formatter文献笔记的保存路径（也就是obsidian的文献笔记路径）
   

应用

1. 打开obsidian，Ctrl+P调出命令面板，输入bib，选择BibNotes Formatter: Create/Update Literature Note，然后选择想要阅读的文献即可
   
   BibNotes Formatter共有两条命令：

• BibNotes Formatter: Update Library
  生成/更新自从上一次执行此命令以来，在zotero中修改的所有笔记。
  如果第一次选择此命令，插件将为导入所有条目创建/更新文献信息。

• BibNotes Formatter: Create/Update Literature Note
  选择文献并生成对应的文献笔记。如果笔记已经存在，其内容将被更新，不会被覆盖。第一项是为文献库中的所有文献创建笔记（慎点）
  

2. 按照上述方法操作会在设置的文献笔记保存路径下生成一个名为{{citeKey}}的md文件，如下图所示，在此文件中会自动提取你在zotero自带阅读器中所做的笔记
   
3. 使用MarkDBConnect插件将zotero文献链接到obsidian中的笔记文件

• 点击zotero菜单栏中的工具——>MarkDBConnect Sync Tags，插件会自动找到已在obsidian中生成的md笔记文件并与对应的文献关联
• 关联以后即可从zotero中打开obsidian生成的文献笔记（右击已关联文献笔记的文献条目）
• 在阅读完一篇论文时，可能会在论文中做许多标记，此时右击选择”从注释中添加笔记“会将pdf中做的笔记和高亮部分提取出来，然后在obsidian中运行再次运行BibNotes Formatter: Create/Update Literature Note命令即可将更改的信息全部同步至obsidian文献笔记中，不会覆盖前一次的笔记，同时也会记录每一次的阅读笔记，当然也可以在阅读完文献以后再生成阅读笔记，此过程可反复操作

至此zotero和Obsidian的联动就完成了，可以很方便地在两个软件中进行双向链接

参考：https://blog.csdn.net/qq_43309940/article/details/125150487