从头配置一台医学影像处理的电脑 Ubuntu20.04

创建时间：2021-08-16，更新时间：2022-07-05

一、概览

环境：Ubuntu 20.04
说明：以下加粗的为我最终选择安装的，未加粗正体为的可选的，斜体为最终选择不装了的

• 代码编辑器：PyCharm，Visual Studio Code
• 虚拟环境，包管理器：Anaconda 或 Miniconda
• Linux下的Windows平台：Wine
  • PDF阅读器：福昕 或 Acrobat Reader
  • 聊天工具：WeChat，TIM
  • 办公编辑软件：office (word, ppt, excel) 或WPS
• 终端管理：tmux、oh-my-zsh
• 科学上网工具：electron-ssr，以及proxychans4。可选monocloud，蜂巢等
• 文件传输工具：FileZilla
• 医学图像处理工具：FSL、ANTs（配准分割等都很好用）、ITK-Snap、AFNI（以及要用到的R语言）、FreeSurfer、mrtrix3、MRICron（看Dicom序列或者将Dicom序列转成Niftii格式）、MRIcroGL（作用同上但是更新）、RadiAnt DICOM Viewer（看DICOM很方便，医生强推）、Paraview（看surface的mesh文件）、3D Slicer
• 团队协作工具（网页版）：trello、bitbucket、confluence、GitHub
• 代码管理软件（桌面版，仅支持Windows和mac OS）：sourcetree
• 编程/数据处理软件：Matlab（以及其上的SPM）
• 输入法软件：搜狗
• 网盘：坚果云
• 远程控制软件：Teamviewer、向日葵

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二、需要注意的坑们

1. 安装wine
2. wine下安装WeChat
3. .run文件运行不了
4. Anaconda安装和使用
5. 配置xxx（略）
6. 桌面上的.Desktop文件双击运行不了
7. 为应用创建桌面快捷方式
8. FileZilla的安装
9. 安装医学处理软件的其他环境 如mrtrix，dipy等
10. FSL的安装和使用
11. ANTs的安装和使用
12. ITK-Snap的安装和使用
13. python中torchbiomed库
14. AFNI的安装和使用
15. FreeSurfer的安装和使用
16. MatLab的安装（使用见另一个文件“Matlab")
17. R语言的安装和使用
18. 搜狗输入法的安装
19. 坚果云网盘client的下载
20. MRICro的安装和使用
21. oh-my-zsh的安装和使用
22. RadiAnt DICOM Viewer的安装和使用
23. Paraview的安装和使用

1. 安装wine

• 搜索wine的官网，有说怎么安装。
• 然后安装winetricks

2. wine下安装WeChat

2.1 安装

• 到微信官网下载windows下的.exe文件
• 把这个文件放到/home/username/wine/文件夹下（方便管理，其他的也行），其中username是当前用户的名字。
• 进入命令行，直接wine xxxx.exe，其中xxxx.exe就是待安装的安装包。
• 完了之后直接运行就可以了。
• 或者按win徽标键，然后搜索wechat，回车运行即可。

2.2 可能遇到的问题

• 问题1：显示不了中文
• 安装好之后运行：
  • 方法1：在/home/username/Desktop/文件夹下有WeChat.desktop
    • 修改该文件，给“env”后面加上“LC_ALL=

3. .run文件运行不了

• 因为下载的福昕阅读器是arm架构适用的，但是我的电脑是x86。所以需要重新下载对应的合适的安装包。

4. Anaconda安装和使用

• Anaconda是包管理器，创建虚拟环境什么的也很实用。

4.1 安装

• 首先，到Anaconda官网下载对应系统的最新版本的安装包：https://www.anaconda.com/products/individual#
• 默认是下载到/home/username/Downloads/下面，我为了管理方便