rdkit 修改分子

一、引入所需库

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8
# rdkit 修改分子

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

二、增删H原子

mol = Chem.MolFromSmiles('OC1C2C1CC2')
# 画分子结构
Draw.MolToImageFile(
    mol,
    '/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/img/mol5.jpg'
)

分子结构图：

2.1 增加H原子函数解析

将氢添加到分子图上

rdkit.Chem.rdmolops.AddHs(
    (Mol)mol   # 要修饰的分子
    [,(bool) explicitOnly = False # （可选）如果设置了此切换，则仅将显式Hs添加到分子中。默认值为0（添加隐式和显式Hs）。
    [,(bool)