Linux入门1 基因课的学习小结1

其实接触Linux已经很久了，最开始是看到《鸟哥的私房菜》一书，那还是2016年的时候，实验室一个做生信的师弟推荐的。那个时候心里有学生信的念头，但是平时除了上课还要做实验，加上又没特别的需求，所以坚持看了没有几章的书就放弃了。那本书从最开始借的，到下载了电子版，甚至后来还买了纸质版，但都没有坚持下来。一方面书籍有些晦涩难懂，感觉不是站在一个初学者的角度写的，另外自己天生对这种纯文本的东西不是那么感冒。
最近，由于使用学校的服务器需要考试，不得不加紧时间学习linux的基础，搜索网站时看到了基因课上的视频课程，感觉更直接有目的性，而且理论实操一起上，所以决定尽快由这套材料上手。边看边练，边学边总结，争取尽快上手。

1. 课程链接：生物信息入门之 Linux

2. 本次内容

• 文件创建、删除、修改、查看；压缩、打包。

3. 准备工作

3.1 Linux系统介绍

• 个人电脑市场以Windows为主，但服务器市场则是Linux系统的天下。
• Linux特点：开源，免费，稳定，命令行模式。
• 服务器：可理解为一台配制更强大、运行更厉害的大型不关机电脑。
• 操作系统与电脑： Hardware-Operate system-Application-Users
• 版本：Ubuntu优先，其次Centos，两者区别在于软件安装方式不同。

3.2. 从windows远程登录

下载putty，输入ip地址，用户名和密码，即可登录。

远程登录

3.3. 安装Linux虚拟机

• 准备工作1：下载Virtualbox并安装。
• 准备工作2：Linux安装镜像文件（elementery OS）官网下载。
• 从Virtualbox中安装：

4. 基本操作

4.1 修改密码

修改密码

• 命令提示符格式： 用户名@服务器名：当前目录$
• 修改密码的命令行：passwd-回车，依次输入旧密码，新密码，确认新密码，成功。
• 清空屏幕快捷键：Ctrl + L。
• 退出session：exit。

4.2 准备测试数据

git clone https://git.coding.net/zhangxudong/GenekTV_Linux.git  #输入命令行下载数据

4.3 切换文件夹

切换文件夹

• 打印当前路径：pwd
• Linux不同于windows系统下的每个盘，Linux文件系统是一个树状的目录结构。
• 各种符号含义：“/”：代表根目录；“_{”：代表登录后自己所在的目录，或者说是主目录，例如}/home/zxd；“.”：代表当前目录；“..”：代表上一级目录。
• 跳到上一级目录：cd~或cd..。
• 绝对路径：从根目录（/）开始，例如/home$；相对路径：从.或..开始的，例如cd..。

4.4 查看文件列表

查看文件列表

• ls命令：查看当前路径下有哪些文件：但ls只能看文件名称；
• ls -l：添加-l选项可查看详细信息，具体格式包括：d（文件夹，-为文件）+ 用户和权限 + 文件大小 +修改时间；
• 一条命令的结构一般包括三部分，即命令（ls）+ 选项（-l）+ 参数（BioSoft/ncbi/）
• ls常用选项： -l：查看文件详细信息； -a：查看包含以.开头的隐藏文件 ；-h：以更易懂方式显示文件大小 ；-t：按修改时间排序。
• 查看帮助信息：ls--help；或者man ls。

4.5 历史命令、复制、自动补全

• 历史命令：通过上下键可选择查阅历史命令。
• 复制：使用了putty：选中即为复制，右键为粘贴；Mac：选中后Command + C/Command + V。
• 自动补全：输入几个字母后点击Tab自动补全；若出现多个文件，可再增加字符，匹配正确文件。

4.6 查看文件内容

查看文件内容

• 查看小文件：cat
• 查看大文件：less，仅显示部分内容，按q后退出，ctrl+C强制退出；选项-S为不换行，可进行整齐排列，可进行左右翻页。
• 首尾行：head/tail,默认为10行，可设置n，例如：head -n 2 + 文件名，为仅显示2行。

4.7 vim编辑文件内容

Vim编辑文件内容

• 打开文件：使用vi + 文件名，此时文件处于命令模式，
• 文件三种模式可切换，切换方式如上图；其中通过a，i，o可切换至输入模式，进行编辑；编辑完成后，Esc键至命令模式，通过：键切换至末行模式，w进行保存，q退出（wq可同时操作）。
• 命令模式下的快捷键：复制：光标至某行，yy；粘贴：p；复制2行：yy2；删除：光标处，dd；撤销：u；选取特定内容：v，上下左右选中内容后y复制，c剪贴，p粘贴。

4.8 文件拷贝、移动、删除

文件拷贝、移动、删除

• 创建文件夹：mkdir
• 拷贝：cp [-r] 源文件夹名称 + 目标文件夹名称/，巧用通配符 （所有带某种符号或片段的，例如，.gz）,文件夹时需要加r；
• 备份：cp -r data data.bak(新备份文件夹名称）
• 移动：mv 源文件名称 + 目标文件夹名称/
• 删除：rm [-r] 文件夹（-r递归命令）
• 链接：ln -s/源文件路径 文件[夹]，链接符号 ->

4.9 压缩和打包

压缩和打包

• 基因组文件压缩比较高，通过压缩后可大量节省空间；
• 常用压缩命令：gzip和bzip2，具体方法见上图，以gzip为例：压缩：gzip seq.fa；解压：gunzip seq.fa.gz;
• 打包：tar -cvf sequence.tar *； 解包： tar -xvf sequence.rar
• 通常压缩和打包是同时进行的，例如：
• gzip压缩打包：tar -zcvf sequence.tar.gz *；解压：tar -zxvf sequence.tar.gz *
• bzip2压缩打包：tar -jcvf sequence.tar.bz2 *；解压：tar -jxvf sequence.tar.bz2 *