Rmarkdown第三弹——图、表和代码输出

代码输出

1. 行内代码

`r sin(pi/2)` 

有趣的案例：

1）自动更新日期

date: "`r Sys.Date()`"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
date: "Last compiled on `r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"

具体细节可参考：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/update-date.html

2）文本结合代码

这里一共有`r sum(x)`个人。

2. 代码块

R代码块一般通过{R}来插入，插入代码段的快捷键：win[Ctrl+Alt+I] / mac[option + cmd + I]。Rstudio其他快捷键可见Rstudio常用快捷键以及窗口操作有用技巧，Rstudio界面介绍可见：Rstudio界面介绍（上），Rstudio界面介绍（下）。

默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。关于代码段选项，详见https://yihui.name/knitr/options。

这里小编给出一些常用的选项，文字版本较难理解的话，请配合我的b站视频教程。

• eval和include选项

  加选项eval=FALSE, 可以使得代码仅显示而不实际运行。 这样的代码段如果有标签， 可以在后续代码段中被引用。

  加选项include=FALSE， 则本代码段仅运行， 但是代码和结果都不写入到生成的文档中。

• echo选项
  echo参数控制了markdown是否显示代码块。若echo=TRUE，则表示代码块显示在markdown文档显示代码块；反之，代码块不出现在输出结果中。

​```{r echo=FALSE}
print(1:5)
​```

结果为:

## [1] 1 2 3 4 5

• collapse选项
  一个代码块的代码、输出通常被分解为多个原样文本块中， 如果一个代码块希望所有的代码、输出都写到同一个原样文本块中， 加选项collapse=TRUE。 例如：

​```{r collapse=TRUE}
sin(pi/2)
cos(pi/2)
​```

结果为：

sin(pi/2)
## [1] 1
cos(pi/2)
## [1] 6.123032e-17

代码和结果都在一个原样文本块中。

• prompt和comment选项

  prompt=TRUE 代码用R的大于号提示符开始。如果希望结果不用井号保护， 使用选项comment=''。

  ​```{r prompt=TRUE, comment=''}
  sum(1:5)
  ​```
  

结果为:

> sum(1:5)
[1] 15

• results选项

用选项results=选择文本型结果的类型。 取值有：

• markup, 这是缺省选项， 会把文本型结果变成HTML的原样文本格式。
• hide, 运行了代码后不显示运行结果。
• hold, 一个代码块所有的代码都显示完， 才显示所有的结果。
• asis, 文本型输出直接进入到HTML文件中， 这需要R代码直接生成HTML标签， knitr包的kable()函数可以把数据框转换为HTML代码的表格。

例如：results='hold'的示例:

​```{r collapse=TRUE, results='hold'}
sin(pi/2)
cos(pi/2)
​```

结果为:

sin(pi/2)
cos(pi/2)
## [1] 1
## [1] 6.123032e-17

• 错误信息选项

选项warning=FALSE使得代码段的警告信息不进入编译结果， 而是在控制台(console)中显示。 有一些扩展包的载入警告可以用这种办法屏蔽。

选项error=FALSE可以使得错误信息不进入编译结果， 而是出错停止并将错误信息在控制台中显示。

选项message=FALSE可以使得message级别的信息不进入编译结果， 而是在控制台中显示。

当然还有关于图片的设置，这个我们放到下面来说

当然你也可以通过Rstudio界面进行部分参数的设置（更加便捷）：

具体演示可见[b站]视频。

• 全局设置

若markdown内的代码块存在一样的参数设置，则可以提前设计好全局的代码块参数。全局代码块通过knitr::opts_chunk$set函数进行设置，一般设置在YAML文件下方，具体见下图。

图片输出

1.插入R代码生成的图形

​```{r, fig.height = 8,fig.with = 6}
plot(1:10)
​```

1. fig.show ：设置了图片输出方式

   • fig.show=‘asis’：表示plot在产生他们的代码后面

   • fig.show=‘hold’：所有代码产生的图片都放在一个完整的代码块之后

   • fig.show=‘animate’：表示将所有生成的图片合成一个动画图片

     可以参考：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/animation.html

   • fig.show=‘hide’：表示产生所有图片,但是并不展示

​```{r, fig.show='animate'}
for (i in 1:2) {
  pie(c(i %% 2, 6), col = c('red', 'yellow'), labels = NA)
}

2. fig.width：设置图片输出的宽度
3. fig.height：设置图片输出的高度
4. fig.align
   设置图片位置排版格式，默认为left,可以为right或者center
5. fig.cap ：设置图片的标题
6. fig.subcap：设置图片的副标题
7. out.width和out.height选项指定在输出中实际显示的宽和高，如果使用如"90%"这样的百分数单位则可以自动适应输出的大小。

2.插入外部图形文件

如果一个图不是由一个R代码块生成的，你可以用两种方式包含它:

• 方法一

使用Markdown语法![caption](path/to/image)，你可以使用width和height属性来设置图像的大小，例如:

![图的标题](xxx.png){width=50%}

注意：图片文件放的位置（如果和rmd同一目录，则可以直接xxx.png；如果在其他位置记得加上相对路径）。

• 方式二

在source editor情况下，直接外部拉入图形即可，会自动保存在相对文件夹的images文简介中，或者点击图形按钮导入。
在这里插入图片描述

• 方式三

在代码块中使用knitr函数knitr::include_graphics()。图片尺寸更改与插入R代码生成的图形的情况相同。

​```{r, echo=FALSE , out.width="50%"}
knitr::include_graphics("xxx.png")
​```

表格输出

1. 外部表格输入

• markdown格式

• Typora格式

在这里插入图片描述

2. 内部代码输出的表格

例子：计算线性回归后， summary()函数的输出中有coefficients一项，是一个矩阵， 如果直接文本显示比较难看：

x <- 1:10; y <- x^2; lmr <- lm(y ~ x)
co <- summary(lmr)$coefficients
print(co)

• knitr包的 kable()

knitr包提供了一个 kable() 函数可以用来把数据框或矩阵转化成有格式的表格， 支持HTML、docx、LaTeX等格式。

可以用knitr包的kable函数来显示:

knitr::kable(co)

kable()函数的digits=选项可以控制小数点后数字位数， caption=选项可以指定表的标题内容。

• pander包的pander函数

其pander()函数可以将多种R输出格式转换成knitr需要的表格形式。 如

pander::pander(lmr)

但是，经过试验发现， 表中中有中文时pander包会出错。这里参考公众号[R友舍]

• 其他包

  • tables (Murdoch 2020), pander (Daróczi and Tsegelskyi 2018), tangram (Garbett 2020), ztable (Moon 2020), and condformat (Oller Moreno 2020).等

---

表格渲染

通过前面可以看到：用knitr::kable()输出表格结果其实不是非常美观，并且很多功能都不能实现。这时我们可以用kableExtra(Zhu 2020)、huxtable (Hugh-Jones 2020)等扩展包来美化表格。

其他拓展包可以参考：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/table-other.html

• kableExtra包

本文以kableExtra包为例，介绍rmarkdown中渲染表格的相关函数。 它在https://haozhu233.github.io/kableExtra/上有大量文档，其中提供了许多示例，说明如何针对HTML或LaTeX输出自定义kable（）输出。 建议阅读其文档，本节中仅介绍一些示例介绍。

kableExtra包可以使用管道符号%>%操作，例如

library(knitr)
library(kableExtra)
kable(iris) %>%
  kable_styling(latex_options = "striped")

安装

# install from CRAN
install.packages("kableExtra")

# install the development version
remotes::install_github("haozhu233/kableExtra")

1. 表格外框设置

bootstrap_options = "bordered"构建有边框的表格，其他可调节的名称可通过帮助文档获取。

x_html <- knitr:: kable(head(rock), "html")
kableExtra::kable_styling(x_html,bootstrap_options = "bordered")

2. 设置表格的宽度

使用full_width = F使得表格横向不会填满整个页面。默认情况下full_width = T

x_html <- knitr:: kable(head(rock), "html")
kableExtra::kable_styling(x_html,bootstrap_options = "striped",
                          full_width = F)

注意：上面例子knitr:: kable制定了kable函数来自knitr包，目的是方式和其他包内同名函数冲突。

另一种写法，如果想使用管道函数，需要加载kableExtra。其他代码也类似，大家要学会举一反三噢！

library(knitr)
library(kableExtra)
kable(head(rock), "html") %>% 
		kable_styling(x_html,bootstrap_options = "striped",
                          full_width = F)

3. 设置表格的对齐方式

使用position = "left"使得整个表格像左对齐，当然也可以中心对齐和右对齐，视情况而定。

x_html <- knitr:: kable(head(rock), "html")
kableExtra::kable_styling(x_html,bootstrap_options = "striped",
                          full_width = F,
                          position = "left")

在这里插入图片描述

4. 设置表格的字体大小

使用font_size = 20可以将字体大小改为20。

x_html <- knitr:: kable(head(rock), "html")
kableExtra::kable_styling(x_html,bootstrap_options = "striped",
                          full_width = T,
                          font_size = 20

5.设置表格的行与列

这里使用的函数是column_spec()，其中以下代码含义为：制定前两列数据，字体加粗、颜色为白色，表格填充为"#D7261E"。而行的设置与列类似，使用函数名为row_spec()。

x_html <- knitr:: kable(head(rock), "html")
x_html <- kableExtra::kable_styling(x_html,
                                    bootstrap_options = "striped",
                                    full_width = T)
kableExtra::column_spec(x_html,1:2,
                        bold = T,
                        color = "white",
                        background = "#D7261E")

x_html <- knitr:: kable(head(rock), "html")
x_html <- kableExtra::kable_styling(x_html,
                                    bootstrap_options = "striped",
                                    full_width = T)
kableExtra::row_spec(x_html,1:2,
                        bold = T,
                        color = "white",
                        background = "#D7261E")

6.其它表格渲染

这里给出一个有趣的例子，具体内部不做过多解释，b站视频给出解释。文字真的很难说明哈哈。

library(kableExtra)
data =  plyr::mutate(rock[1:10, ],
                   perm = cell_spec(perm,"html",
                   color = "white",
                   bold = T,
                   background = spec_color(1:10,
                   end = 0.9,
                   option = "A",
                   direction = -1)),
  shape = ifelse(shape > 0.15,
                 cell_spec(shape,
                           "html",
                           color = "white",
                           background = "#D7261E",
                           bold = T),
                 cell_spec(shape, "html",
                          color = "green",
                           bold = T)))
x_html <-knitr::kable(data,"html", escape = F, align = "c")
x_html <-row_spec(x_html,0, color = "white", background = "#696969" )
kable_styling(x_html,"striped")

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