用R语言进行差异化分析：可自定义选取指定数据分别进行分析

一.读取excel文件

library(readxl)#加载包，无法加载就安装
a<-read_excel("123.xlsx")#注意要把数据文件放在你打开的R-project目录下，不然读取不到

同一种基因在四种癌症中的表达量

二.选取指定数据进行分析

该表中含有四种癌症，假设我们的目的是对肝癌和乳腺癌的差异性进行两两分析，首先我们需要选取出表中肝癌和乳腺癌的数据

这就涉及到一个问题：怎么在文档中取出需要的子集

[ , ]的意思为对行列进行取子集操作，前为行后为列，空白处输入的内容就是对行列进行的限定条件，从而选出需要的行列

c=a[1,]#数字意思为取第1行
c=a[c(1,2),]#想取几个行时，数字意思为取第1,2行
c=a["x",]取某个名字叫X的行
c=a[c("x","y"）,]取名字叫"x""y"的两行
c=a[a$癌症类型=="肝癌",]#找出某一列中含有某个元素的某行
c=a[a$癌症类型=="肝癌"|a$癌症类型=="肺癌",]#想设置多个条件，用或或而且（R语言中表示或者使用|；表示并且使用&
；表示否使用！）#此句意义为取出癌症类型这一列的数据中是肝癌和肺癌的这些行，运行此条之后出现如下结果

取出了为肝癌和肺癌的数据，现在C数据文件中就只含有肝癌和肺癌了

三.对选取出来的数据进行差异化分析

library(ggstatsplot)
ggbetweenstats(c, x=癌症类型, y=gene)
#加载R包后利用R包画图，该图以癌症类型列数据为X轴，gene列数据为Y轴
#此处有一个小技巧R包中的函数不用自己手打输入，根据说明书中的案列复制

Rplot01.jpeg

最后

感谢jimmy的生信技能树团队！

感谢导师岑洪老师！

感谢健明、孙小洁，慧美等生信技能树团队的老师一路以来的指导和鼓励！