生信数据库02-Metascape基因功能分析数据库

本内容为【科研私家菜】生信数据库系列课程

R小盐准备介绍那些小众又好用的生信数据库

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今天R小盐介绍的数据库是Metascape

01 Metascape数据库

Metascape数据库是一个功能强大的基因功能注释分析工具，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中，以实现对基因或蛋白功能的认知。可以实现基因功能注释（GO和KEGG之类的），每月更新一次，最近更新时间是2021-12-18 。
Metascape的数据不仅更新快，其覆盖面也相当广泛。从数据库种类来说，Metascape整合了GO、KEGG、STRING、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源，使其不仅能完成通路富集和生物过程注释，还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析，致力于为科研工作者提供每个基因全面而详细的信息。
Metascape网站在文章发表之前就已经被350多篇论文引用，其中不乏《自然》，《科学》，《细胞》等杂志。有趣的是约三分之二的引用文章使用了Metascape生成的图表。这可能要归功于这些图表的设计都是基于作者团队多年发表论文的经验之上。

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02 MSigDB使用步骤

第1步：输入基因集，支持symbol 和ID

第2步：选择物种

支持一下物种：

第3步：开始分析，生成分析报告

数据库引用：

Zhou et al. within any publication that makes use of analyses inspired by Metascape. Nature Commun. 2019 10(1):1523

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