almaBTE 1.3.2安装避坑指南

almaBTE 安装避坑指南

almaBTE 官方介绍：
almaBTE consists of a library and a collection of executables allowing the user to calculate thermal transport properties of heterogeneous structures, using only ab-initio data, and solving the phonon Boltzmann Transport Equation (BTE).

almaBTE安装

官网给出了 docker image for v1.3.1 https://1drv.ms/u/s!AsAFTyZWWh4MoVgpWj1QuuUR4Jzd, image是放在OneDrive上的，你懂的，国内直连不可以，一直纳闷为什么客户端OneDrive能用，网页却无法链接。
另外我还不会docker部署，就先放弃吧，老老实实源码安装。

以下是具体安装过程

官方文档安装方法

按照官方文档的操作
只需要配置 cmake boost hdf5

sudo apt-get install cmake libboost-all-dev libhdf5-dev # ubuntu 下配置环境 (这三个的具体作用以后再说。。。)

如果你是centos

sudo yum install cmake3 boost-devel hdf5-devel # centos 下配置环境

关于cmake因为我在centos环境下yum install cmake 安装的cmake 不认Intel编译器环境所以建议大家安装cmake3

然后就可以编译了

sudo apt-get install cmake libboost-all-dev libhdf5-dev # ubuntu 下配置环境
#
wget http://www.almabte.eu/wp-content/uploads/2018/10/almabte-v1.3.2.tar.gz

tar -zxvf almabte-v1.3.2.tar.gz
cd almabte-v1.3.2
mkdir build
cd build
cmake3 .. # or cmake ..
# 如果过程中没有报错，会打印出找到的编译器环境以及boost，hdf5
#然后就可以
make -j 4 all # 并行make，4是调用4个核 或者 make all
#make 运行完之后进行测试
make -j 4 test # 测试过程会打印Passed or Failed
# 如果足够幸运，安装完成那么build目录下src中会出现almaBET的所有可执行文件
#添加进环境变量
echo 'export PATH=$PATH:"/build/src" ' >> ~/.bashrc #alma_dir改为alma软件的路径
source ~/.bashrc

可以尽情玩耍了！！！

理论上说这样就该成功了，可是安装过程中总会遇到一些问题，比如你没有管理员权限。。

服务器上个人用户安装 almaBTE

就我亲身经历而言，有管理员权限我也没有很简单的安装上almaBTE；百度之后按照编译安装almabte-1.3.1心得这一篇教程，最终安装成功。但这中间还是遇到一些问题，在这里码一码。

前期准备

并行计算库，hdf5-1.8.20，boost-1.68.0。

安装过程

具体的编译过程参考编译安装almabte-1.3.1心得，我这里最简单的列一下过程。

并行环境一般服务器都会安装好，这里不再赘述，我用的Intel全家桶。另外cmake的安装这里也不赘述。

hdf5-1.8.20下载编译,
常规的 ./confugure && make && make install

wget https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8/hdf5-1.8.20/src/hdf5-1.8.20.tar.bz2
tar -jxvf hdf5-1.8.20.tar.bz2
cd hdf5-1.8.20
./configure --prefix=/home/js/software/hdf5-1.8.20 --enable-cxx #设置安装目录，并使用c
make
make isntall
# 安装以后检查是否生成 libhdf5_cpp.so
#加入环境变量
export PATH=$PATH:/home/js/software/hdf5-1.8.20/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/js/software/hdf5-1.8.20/lib
export CPATH=$CPATH:/home/js/software/hdf5-1.8.20/include

Boost编译

这里要注意修改一个project-config.jam

wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.68.0/source/boost_1_68_0.tar.bz2
tar -jxvf boost_1_68_0.tar.bz2
cd boost_1_68_0
./bootstrap.sh --prefix=/home/js/software/boost_1_68_0
#之后会生成一个project-config.jam文件，用vi之类的打开，在末尾加上
using mpi : /opt/intel/impi/2019.2.187/intel64/bin/mpiccmpicc ;
# 声明mpicc路径，注意空格，
#编译完之后应该有libboost_mpi.so、libboost_mpi.a之类的，否则编译失败
#总之一定要生成boost的mpi库，因为编译almabte要用到。这里参考的是https://www.boost.org/doc/libs/1_70_0/doc/html/mpi/getting_started.html
#然后编译安装boost
./b2
./b2 install

编译almaBTE

进入almaBTE文件夹

mkdir build
cd build
cmake .. # or cmake3 ..

如果正常的话这里就会打印，找到了相关的Intel编译器，以及boost和hdf5。

如果没有成功的话，则修改上层目录中的CMakeLists.txt添加boost和hdf5的路径

vi ../CMakeLists.txt

找到 # Find some components from Boost.

增加一行

set(BOOST_ROOT "/home/js/software/boost_1_68_0") ####修改这里为boost的路径

最终为

# Find some components from Boost.
set(BOOST_ROOT "/home/js/software/boost_1_68_0") ####修改这里为boost的路径
find_package(Boost COMPONENTS system filesystem mpi serialization log REQUIRED)
include_directories(${Boost_INCLUDE_DIR})
link_directories(${Boost_LIBRARY_DIR})
add_definitions(-DBOOST_LOG_DYN_LINK)
set(Boost_USE_MULTITHREADED OFF)

如果hdf5报错，同样在CMakeLists.txt中，定位到# Try to find hdf5 in the system.

添加

set ( HDF5_ROOT "/home/js/software/hdf5-1.8.20"  )

解决上述问题之后，进入almaBTE的build文件夹

cmake ..
make -j 4 all
make -j 4 test
echo 'export PATH=$PATH:"/build/src" ' >> ~/.bashrc #alma_dir改为alma软件的路径
source ~/.bashrc

test完成以后加入环境变量，就可以在任何地方玩耍了。

总结

总结一下这次almaBTE的安装，

Linux下软件安装一定要确定清楚依赖
同样的依赖，编译依赖时，参数不同，产生的libxxx.so等不同，可能作用就不一样了。默认安装有时候会有问题。这就感觉安装软件没有win那样双击简便。这也和Linux特色有关。
Linux就是用来折腾的

我曾经尝试过把centos7作为主力系统，vm中win10做辅助系统。但是用了1个星期后，我还是转回了我的win10。。。主要是离不开win10，vm中win又时常崩溃（原因不知），又没时间折腾了。如果Linux（centos7）下的软件生态更好一点，也许就完全可以办公了。Linux敲代码还是很舒服，毕竟各种IDE都支持Linux。（用centos而不用其它的Ubuntu等，是因为要做计算服务器用，据说centos更稳定，我也没做过测试。）

参考

编译安装almabte-1.3.1心得 https://blog.csdn.net/samzlhd/article/details/90453405
http://www.almabte.eu/